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标题: CFOUr在运行得到的输出文件内存过大 [打印本页]

作者
Author: yangxinrui 时间: 2022-11-2 20:23
标题: CFOUr在运行得到的输出文件内存过大
本帖最后由 yangxinrui 于 2022-11-4 16:28 编辑

按照说明书编写的输入文件，提交任务xcfour>ZMAT &,得到的输出文件非常大，现在没有算完已经有23GB了，这是正常的吗，还是我哪里有问题呢？谢谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-3 09:13
这种事显然先看看输出文件里写入了什么导致文件那么大，如果净是一堆无意义的中间信息的输出，就寻找关键词关闭

作者
Author: yangxinrui 时间: 2022-11-4 11:17

sobereva 发表于 2022-11-3 09:13
这种事显然先看看输出文件里写入了什么导致文件那么大，如果净是一堆无意义的中间信息的输出，就寻找关键词 ...

老师，输出文件为：
  SCF has converged.

save density matrix on hard disk
total electron number: 20.000000000000071
   E(SCF)=    -151.187961737510932             0.8639497004D-07

  Eigenvector printing suppressed.

@PUTMOS-I, Writing converged MOs to NEWMOS.
@PUTMOS-I, Symmetry 1 Full 6 Partial 2
--executable xvscf finished with status       512
节点上为：At line 63 of file moldenorb.f (unit = 40, file = 'MOLDEN')
Fortran runtime error: Sequential READ or WRITE not allowed after EOF marker, possibly use REWIND or BACKSPACE
^C
换了两个节点重新安装了cfour还是有这个问题，想问一下老师有好的解决办法吗？
输入文件为：
Calculation of analytic second derivatives at RHF-CCSD(T) level
O
O 1 B1
H 1 B2 2 A1
H 1 B3 2 A2 3 D1 0
H 2 B4 1 A3 3 D2 0
H 2 B5 1 A4 3 D3 0

B1=2.91366448
B2=0.96775942
B3=0.96081502
B4=0.96244338
B5=0.96244364
A1=5.66539832
A2=110.19929882
A3=108.82659899
A4=108.80126476
D1=-0.36122798
D2=-123.58975335
D3=123.01349014

*CFOUR(CALC=CCSD(T)
   BASIS=6-31G
   SCF_CONV=9
   SCF_MAXCYC=1000
   SCF_DAMPING=600
   ABCDTYPE=AOBASIS
   CC_CONV=8
   CC_PROG=ECC
   CC_MAXCYC=200
   LINEQ_MAXCYC=200
   VIBRATION=ANALYTIC
   MEMORY=40000000)
感觉输入文件应该没有问题哇

作者
Author: niobium 时间: 2022-11-4 12:14
一些临时文件很大，是正常的，等算结束了再看。23G是硬盘空间吧，又不算很大。

作者
Author: yangxinrui 时间: 2022-11-4 16:27
本帖最后由 yangxinrui 于 2022-11-4 16:29 编辑

niobium 发表于 2022-11-4 12:14
一些临时文件很大，是正常的，等算结束了再看。23G是硬盘空间吧，又不算很大。

老师，俺算完了，但是找不到哪里是俺想得到的有梯度的二阶CCSD(T)也就是CCSD(T)的红外光谱数据，产生了很多文件，输入文件是
Calculation of analytic second derivatives at RHF-CCSD(T) level
O
O 1 B1
H 1 B2 2 A1
H 1 B3 2 A2 3 D1 0
H 2 B4 1 A3 3 D2 0
H 2 B5 1 A4 3 D3 0

B1=2.91366448
B2=0.96775942
B3=0.96081502
B4=0.96244338
B5=0.96244364
A1=5.66539832
A2=110.19929882
A3=108.82659899
A4=108.80126476
D1=-0.36122798
D2=-123.58975335
D3=123.01349014

*CFOUR(CALC=CCSD(T)
   BASIS=AUG-PVTZ
   SCF_CONV=9
   SCF_MAXCYC=1000
   SCF_DAMPING=600
   ABCDTYPE=AOBASIS
   DROPMO=1>10
   CC_CONV=8
   CC_PROG=ECC
   CC_MAXCYC=200
   LINEQ_MAXCYC=200
   VIBRATION=ANALYTIC
   MEMORY_SIZE=8
   MEM_UNIT=GB)
输出文件是
  applying damping factor of 0.40000000000000002
   7       -148.761682402916733             0.7347273053D+00
   8       -152.123275966570645             0.4491177370D+00
   9       -152.125381010608919             0.5176016664D-01
   10       -152.126086975259341             0.2948323759D-01
   11       -152.126138325495162             0.6202014657D-02
   12       -152.126138855809444             0.8667668646D-03
   13       -152.126138917944701             0.2238318824D-03
   14       -152.126138924001765             0.8378806819D-04
   15       -152.126138924342683             0.2064782031D-04
   16       -152.126138924371304             0.7704336720D-05
   17       -152.126138924371929             0.1895757311D-05
   18       -152.126138924370252             0.4699633920D-06
   19       -152.126138924374430             0.1303442276D-06
   20       -152.126138924371702             0.1864912935D-07
   21       -152.126138924370480             0.1126394289D-07
   22       -152.126138924372952             0.3247347280D-08
   23       -152.126138924370366             0.1067799849D-08

  SCF has converged.

save density matrix on hard disk
total electron number: 20.000000000000043
   E(SCF)=    -152.126138924370423             0.2611039163D-09

  Eigenvector printing suppressed.

@PUTMOS-I, Writing converged MOs to NEWMOS.
@PUTMOS-I, Symmetry 1 Full  46 Partial 0
--executable xvscf finished with status       512
老师，这是报错了还是没有报错呐，在哪里找到光谱数据呢？还有den.dat啥子数据，新手不知道哪里照，谢谢各位老师，还有一个问题如何能够可视化这些光谱呐，有啥软件吗或者程序？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 09:31
如果没什么特殊原因，没必要CCSD(T)算红外
Gaussian里用CCSD算红外的结果不会和CCSD(T)能有什么可查觉的差异

作者
Author: wjc404 时间: 2022-11-8 13:22
本帖最后由 wjc404 于 2022-11-9 12:29 编辑

yangxinrui 发表于 2022-11-4 16:27
老师，俺算完了，但是找不到哪里是俺想得到的有梯度的二阶CCSD(T)也就是CCSD(T)的红外光谱数据，产生了很 ...

请问新加的DROPMO=1>10是什么情况，是把价层电子都冻住吗？如果发现计算代价高，可以用冻芯（FROZEN_CORE=ON），并且把基组从aug-cc-pVTZ减到cc-pVTZ(BASIS=PVTZ)，一般没必要用DROPMO。
硬盘推荐500GB起步的nvme固态（现在已经白菜价了），不然会有些不舒服。

几何优化的输入文件（不好意思B5那一行是手误了，可删；XX_CONV之类的关键词可不给）
(, 下载次数 Times of downloads: 70)

几何优化的结果
(, 下载次数 Times of downloads: 64)

振动计算的输入文件（改自几何优化任务生成的ZMATnew；XX_CONV之类的关键词可不给）
(, 下载次数 Times of downloads: 71)

振动计算的结果（谐振频率和红外强度，就在输出文件中靠后位置），前六个不用管（只需要确认它们都不超过5cm-1）。
(, 下载次数 Times of downloads: 70)

在四核Skylake处理器上，以上优化24轮耗时约50min，频率任务耗时约1小时，CFOUR版本v2.1（直接拉取的gitlab的master分支）。
如果加弥散到aug-cc-pVTZ，计算量还会显著增加。

下面两图是CCCBDB上面找到的CCSD(T)计算的水二聚体频率，基组用了红字注明，可以看到加不加弥散基本没有差距。
(, 下载次数 Times of downloads: 73) (, 下载次数 Times of downloads: 59)

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