计算化学公社

标题: Ubuntu 20.04 安装 Orca 5.03 [打印本页]
作者
Author: wxyhgk    时间: 2022-11-2 22:01
标题: Ubuntu 20.04 安装 Orca 5.03
本帖最后由 wxyhgk 于 2022-11-3 17:18 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 20)
来我博客看排版更加好,点我打开
说明

以下教程基本就是复制粘贴,很简单

1. 准备工作
下载 MobaXterm : 点我下载
方便后面的操作，sftp 和 ssh 在一个界面非常友好，支持 x11 转发，全能终端工具，方便后面的操作

1.1 更改 Ubuntu 源
更换源保证以后的下载速度 , 修改 sources.list 文件
  1. sudo vim /etc/apt/sources.list
复制代码

把里面的全部删掉，修改成下面的：
  1. deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
  2. deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
  3. deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
  4. deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
  5. deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
复制代码


修改完后，进行更新
  1. sudo apt-get update
复制代码

1.2 安装 tmux
  1. sudo apt-get install tmux -y
复制代码
安装 tmux 的目的是保证,让我们所有的操作都在后台,不用担心断连问题

建立一个 tmux 后台
  1. tmux new -s orca
复制代码
后面我们的所有操作将在 tmux 中操作,目的是防止断连,什么?你还不会 tmux? ,赶紧去看看吧,10分钟入门(点我打开）

1.3 一次性安装所有包
总是缺少命令?赶紧一键下载吧
  1. sudo apt-get install build-essential gfortran wget -y
复制代码

2 orca安装
2.1 准备工作
下载好解压放入你的家目录,如果你不知道,就运行
  1. echo "$HOME"
复制代码
将下载的压缩文件放入到这个目录中,然后解压,需要等待一下
  1. tar -xvf orca_5_0_3_linux_x86-64_shared_openmpi411.tar.xz&&mv orca_5_0_3_linux_x86-64_shared_openmpi411 orcashare
复制代码


2.2 配置环境变量
无脑一键操作
  1. echo -e '\n#orca\nexport PATH=$PATH:$HOME/orcashare' >> $HOME/.bashrc;
  2. echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/orcashare' >> $HOME/.bashrc;
  3. echo "alias orca='$HOME/orcashare/orca'" >> $HOME/.bashrc
复制代码

3. openmpi 安装
3.1 准备工作
无脑复制粘贴即可
  1. cd $HOME && wget -c https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.1/downloads/openmpi-4.1.1.tar.gz && tar -xvf openmpi-4.1.1.tar.gz && cd $HOME/openmpi-4.1.1 && mkdir $HOME/openmpi
复制代码

3.2 编译安装
下面的过程可能有点长,慢慢等待即可,我们是在 tmux 中运行的,所以不怕断连
  1. cd $HOME/openmpi-4.1.1 && ./configure --prefix=$HOME/openmpi
复制代码
  1. make -j `cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l`
复制代码
  1. make install
复制代码


3.3 配置环境变量
下面命令复制粘贴就行了,会自动放入 .bashrc 文件中
  1. echo -e '\n#openmpi\nexport PATH=$PATH:$HOME/openmpi/bin' >> $HOME/.bashrc
复制代码
  1. echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/openmpi/lib' >> $HOME/.bashrc&&source $HOME/.bashrc
复制代码


运行
  1. ompi_info
复制代码
看看是否正常

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

3.4 配置超线程运行
如果你不配置以下,会得到类似下面的报错
There are not enough slots available in the system to satisfy the 30slots that were requested by the application:
一键配置
  1. echo "localhost slots=`cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l`" >> $HOME/openmpi/etc/openmpi-default-hostfile
复制代码

至此我们的所有工作就完成了,下面开始测试
4. 运行测试
点我下载测试文件

也可以把这段代码保存为 orcaTest.inp 文件,下面的 30 换成你的线程.如何查看线程?使用这个命令 cat /proc/cpuinfo |grep 'processor'|sort -u|wc -l  可以自行查看,然后替换下面的 30
  1. # 中文测试
  2. # Basic Mode
  3. #
  4. %pal nprocs 30 end

  6. ! RHF OPT FREQ def2-TZVPP

  8. * xyz 0 1
  9.    C       -3.57201        0.75197       -0.00713
  10.    C       -2.46496       -0.30040       -0.11486
  11.    H       -4.55185        0.29023       -0.25025
  12.    H       -3.38875        1.58627       -0.71636
  13.    H       -3.61790        1.15660        1.02610
  14.    C       -1.08299        0.33386        0.07660
  15.    H       -2.51026       -0.76565       -1.12270
  16.    H       -2.64813       -1.08619        0.64974
  17.    C        0.03317       -0.71134        0.01244
  18.    H       -1.02734        0.85123        1.05790
  19.    H       -0.91523        1.07831       -0.73136
  20.    H       -0.06624       -1.43465        0.84878
  21.    H        1.01708       -0.20375        0.09911
  22.    H        0.00291       -1.25980       -0.95232
  23. *

复制代码

然后使用命令
  1. orca orcaTest.inp > orcaTest.out &
复制代码


使用 MobaXterm 看看是否占满
(, 下载次数 Times of downloads: 15)


orca官方手册(点我下载)

5. 参考教程

5.1 安装教程
5.2 其他设置









作者
Author: abin    时间: 2022-11-2 23:15
下载即用.

仅供参考:
http://bbs.keinsci.com/thread-26418-2-1.html

作者
Author: wxyhgk    时间: 2022-11-2 23:25
abin 发表于 2022-11-2 23:15
下载即用.

仅供参考:

我还有其他服务联合orca,singularity不能打通他们
作者
Author: wxyhgk    时间: 2022-11-2 23:39
abin 发表于 2022-11-2 23:15
下载即用.

仅供参考:

主要你这为了搞钱,一个集群都几百,真会赚,我现在还在弄web前端,搞个大一统.
作者
Author: ahxb    时间: 2022-11-3 00:03
头一回见到openmpi可以解除物理核数限制。刚才在WSL2里跑了个用ORCA的TD-DFT计算，用全部6个物理核用时10min58s，用12个超线程计算用时12min4s，就我用的测试用例而言，用上超线程计算速度反而减慢了，而且占用内存翻倍，似乎并无优势。
作者
Author: wxyhgk    时间: 2022-11-3 00:14
ahxb 发表于 2022-11-3 00:03
头一回见到openmpi可以解除物理核数限制。刚才在WSL2里跑了个用ORCA的TD-DFT计算，用全部6个物理核用时10mi ...

这个比较玄学,看具体情况吧
作者
Author: abin    时间: 2022-11-3 07:44
本帖最后由 abin 于 2022-11-3 09:59 编辑
wxyhgk 发表于 2022-11-2 23:39
主要你这为了搞钱,一个集群都几百,真会赚,我现在还在弄web前端,搞个大一统.

下载即用，哪里有搞钱这一说？
你可能都没有仔细看。

不过，最大的障碍在于，
机器没有singularity 的话，
需要安装一下。
不用root也可以安装，稍微麻烦一点。

当然，我的集群部署工具，是付费提供的，不要混为一谈。

我的方案仅供参考，
并不是唯一的解决方案。


补充一下,
我的集群工具套件是付费的.
最低价398, 是指自己看手册操作.
如果需要特殊定制, 费用不是几百元, 是好几千的.


就如同, 去目的地, 自己走路, 也可以, 也能欣赏美景, 就是费力气, 花时间.  
或者, 不想走路, 可以乘坐公交车, 出租车, 或者高端专车, 省时间, 但是需要支持车费. 这个没毛病.
自己动手从头撸集群, 也是同样道理.

集群构建方案都是公开的, 如果自己有功夫看技术文档, 也可以搞定呀.
我并不强迫任何人使用我的方案.


或者也有其他报价更低的, 50元搞定所有的, 也挺好的.


另, 你的保姆级教程很详尽, 自己动手的朋友, 应该能搞定的.


作者
Author: zsu007    时间: 2022-11-3 08:15
谢谢楼主的分享！
作者
Author: funyboy    时间: 2022-11-3 09:44
这个图标这么酷炫的。
作者
Author: abin    时间: 2022-11-3 09:53
wxyhgk 发表于 2022-11-2 23:25
我还有其他服务联合orca,singularity不能打通他们

如果涉及多个软件联用,
singularity模式还需要更多设定的, 会比较麻烦一点的.

配置软件, 如果网络正常的话,
可以使用这些方案:
Spack Package Manager: http://computation.llnl.gov/projects/spack-hpc-package-manager
EasyBuild / EasyConfig (University of Gent): https://github.com/easybuilders

当然, 找个方案, 只是我的推荐.
因为我比较懒, 喜欢使用他们做好的东西.

作者
Author: zhangs    时间: 2024-4-9 21:37
centos能用这个步骤吗？楼主大大




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