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标题: CGenFF生成有机小分子拓扑文件问题 [打印本页]

作者
Author: fanzhihua 时间: 2022-11-2 22:50
标题: CGenFF生成有机小分子拓扑文件问题
在使用CGenFF在线生成网站时，出现了报错
保存str文件后运行

pythoncgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py jz4 jz4_fix.mol2 jz4.str charmm36-jul2022.ff后出现错误

作者
Author: dlm 时间: 2023-10-1 17:26
小分子的ID号写一下，中间不要加空格

作者
Author: dlm 时间: 2023-10-1 17:38
你好，我对cgenff也有问题，我想问一下，我的mol2文件在pymol和薛定谔中都显示正常，但是生成str没有bonds信息，生成的pdb没有双键结构。请问是哪里有问题吗

作者
Author: amdno 时间: 2024-5-9 11:26

dlm 发表于 2023-10-1 17:38
你好，我对cgenff也有问题，我想问一下，我的mol2文件在pymol和薛定谔中都显示正常，但是生成str没有bonds ...

你好，你了解如何生成具有双键的小分子的charmm36力场的结构文件吗

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