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标题: 请问密度值模拟的准确是检验力场模型合理与否的必要条件吗？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-11-3 11:02
标题: 请问密度值模拟的准确是检验力场模型合理与否的必要条件吗？
各位老师好，我在准备跑一个二元体系A+B在某一个实验条件下的模拟过程，
在模拟前分别设了纯A和纯B的盒子跑该实验条件下的密度，发现其中A的密度模拟值与真实情况偏差大，

想请问各位老师，是否密度值不准，其它参数测出来也一定不准？再跑混合体系也没意义，应当先修改mdp或者拓扑文件的设置直到密度偏差在合理范围内？

谢谢各位老师回答

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-3 13:53
密度不准，要么说明力场不准，要么说明你研究的性质本身就不是一个适合直接计算的量。
举个后者的例子：假如你用一个水的力场，计算水在1℃下的密度。但是这个力场预测水在2℃结冰，结果算出来就是冰的密度，跟液态水的密度相比差了好多。那么这可以说明这个力场不准吗？不能，只能说明你研究的性质不是一个适合用力场直接算准的量。如果改成计算水的密度在-20℃~20℃范围内随温度的变化，就好多了，画出图来就可以看到和实验只是水平方向上错开了一点，很准。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-4 08:32
密度几乎是最容易模拟准的液体属性（模拟的相对误差比其它大多数液体属性更小），如果在当前力场适用条件下（比如GAFF模拟有机体系标况的情况），密度和实际相差很大，而且确保误差不是其它因素造成的（如盒子太小、mdp里非键相互作用作用方式和力场不兼容等），那就别太指望这个力场算更难算的量或者混合体系能给出靠谱结果。

另外，一个力场把密度模拟准了，绝对不代表其它属性也能模拟不错。对于简单形式力场，开发者需要考虑力场对重要性质描述的均衡性。如果光为了最小化密度计算误差而优化参数，后果是模拟其它许多属性的精度可能大打折扣。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-11-4 19:37

sobereva 发表于 2022-11-4 08:32
密度几乎是最容易模拟准的液体属性（模拟的相对误差比其它大多数液体属性更小），如果在当前力场适用条件下 ...

谢谢sob老师解答，想再追问，如果是气体这种，密度对它们来说也是一回事是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 09:33

高处裹棉被发表于 2022-11-4 19:37
谢谢sob老师解答，想再追问，如果是气体这种，密度对它们来说也是一回事是吗？

是

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