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标题: 为什么pdb下载的蛋白配体复合物构象与MD的第一帧（0ps）构象无法完全重合呢？ [打印本页]

作者
Author: nc19840709 时间: 2022-11-3 13:31
标题: 为什么pdb下载的蛋白配体复合物构象与MD的第一帧（0ps）构象无法完全重合呢？
如题，MD的第一帧应该是和pdb下载原始构象完全叠合吧，但是我的叠合后 rmsd0.235，是什么引起这种结果的呢？

作者
Author: panernie 时间: 2022-11-3 13:45
em,nvt,npt都会影响

作者
Author: nc19840709 时间: 2022-11-3 18:37
谢谢解答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-4 08:37
考虑MD之前都做了什么，哪些操作可能影响了坐标。而且注意pdb和gro是固定格式记录坐标，记录坐标的精度都是有限的（尤其是gro），舍入误差也可能对RMSD有所贡献。仔细对比一下坐标具体数值便知

作者
Author: nc19840709 时间: 2022-11-4 22:11
那比较pdb和gro文件差异即可，谢谢老师！

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