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标题: 用gromacs做MD时，如何获取一定时间内的蛋白复合物平均构象？ [打印本页]

作者
Author: nc19840709 时间: 2022-11-3 14:50
标题: 用gromacs做MD时，如何获取一定时间内的蛋白复合物平均构象？
一段时间内的平均构象代码是什么？有什么需要注意的，谢谢大家的解答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-4 08:39
平均构象没有什么意义，得到的是严重扭曲的结构，键长键角二面角都很离谱
如果你的目的是得到一段时间内比较有代表性的结构，可以用gmx cluster做簇分析，取得到的重要的簇里的代表性结构（与簇内其它所有帧RMSD都较小的结构）

作者
Author: nc19840709 时间: 2022-11-4 22:13
谢谢老师，gmx cluster做簇分析的具体步骤在哪里能找到？

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