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标题: Sobtop构建的柔性小分子二面角力场矫正疑惑 [打印本页]

作者
Author: wenzihao 时间: 2022-11-3 22:32
标题: Sobtop构建的柔性小分子二面角力场矫正疑惑
我在用sobtop构建柔性小分子力场中，对所有键长键角用mSeminario方法构建，柔性二面角用自带预测。之后我对特殊的可旋转柔性二面角进行力场参数矫正。发现角度为0附近矫正差距较大。

具体步骤是：
（1）QM柔性扫描该二面角键
（2）将MM力场中对应二面角的K设为0，并计算能量
（3）QM减去MM能量，并函数拟合。
（4）将拟合参数放入文件内，重新矫正MM能量，并和QM能量对比

参数文件和势能面图在下面附件内。
目前发现MM计算柔性二面角能垒有一部分对的比较好，中间角度为0的附近有一个较高的势垒峰，请问各位老师是那些原因导致的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-4 08:01
文件我没时间具体看，反复对比测试，每次把一部分参数设成0，总能搞清楚什么因素导致中间凸起

作者
Author: wenzihao 时间: 2022-11-6 16:31

sobereva 发表于 2022-11-4 08:01
文件我没时间具体看，反复对比测试，每次把一部分参数设成0，总能搞清楚什么因素导致中间凸起

老师您好，我按照老师您说的操作，最后把除了研究的二面角之外的参数都设成0了仍有中间峰。
压缩文件夹里有参数文件和gmx的输入文件和输入命令，以及相关的参数。

因为分子体系很小，但仍确定不了构建力场时哪里出的问题。想请老师帮忙查看一下问题出在哪。

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-11-6 22:53

wenzihao 发表于 2022-11-6 16:31
老师您好，我按照老师您说的操作，最后把除了研究的二面角之外的参数都设成0了仍有中间峰。
压缩文件夹 ...

是不是原子4和8之间的静电排斥以及vdW相互作用导致的，特别是QM在隐式水模型中而MM在gas中。

作者
Author: wenzihao 时间: 2022-11-7 09:42

enthalpy 发表于 2022-11-6 22:53
是不是原子4和8之间的静电排斥以及vdW相互作用导致的，特别是QM在隐式水模型中而MM在gas中。

老师您好，我看了一下，我QM计算的势能面时也是在气象下。您说的原子4和8的非键相互作用，我也有尝试修改输入文件用其他方法计算过，但MM计算的总会在0°附近出现峰。

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