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标题: GROMACS、mdrun指令中GPU调用问题疑惑。 [打印本页]

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熊小熊    时间: 2022-11-4 11:31
标题: GROMACS、mdrun指令中GPU调用问题疑惑。
本帖最后由 熊小熊 于 2022-11-4 11:32 编辑

   大家好,我想请问一下模拟计算时,不同的指令造成的不同计算问题,计算机CPU为8核16线程;
   命令一:gmx mdrun -v -deffnm  md;
   命令二:gmx mdrun -v -deffnm md  -gpu_id 0  -ntmpi 1 -ntomp 8 ;
    两条命令都能进行计算且不会报错,但是命令一的计算速度与命令二计算速度相差甚远,奇怪的是在之前我使用命令一同样能达到命令二的计算速度,不知道为什么突然需要指定线程计算了(是ubuntu系统的原因吗),不指定的话,GPU就调用不起来了,所以我想问问这是什么原因导致的,这两种执行命令计算的结果是否似乎存在差异,我使用相同的命令生成伞采conf.gro文件时,两种方式下的conf.gro数量相差很大,这又是为啥?感谢您的解惑

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boqiang    时间: 2022-11-4 16:52
性能对比查看http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html
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熊小熊    时间: 2022-11-5 09:45
好勒,谢谢!
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yihanxu    时间: 2022-11-8 22:15
请教一下,Persistence Mode需要打开吗?我用默认的off可以吗?
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熊小熊    时间: 2022-11-9 15:53
yihanxu 发表于 2022-11-8 22:15
请教一下,Persistence Mode需要打开吗?我用默认的off可以吗?

我没有改动过,就默认的。
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yihanxu    时间: 2022-11-9 17:04
熊小熊 发表于 2022-11-9 15:53
我没有改动过,就默认的。

谢谢




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