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标题: GROMACS、mdrun指令中GPU调用问题疑惑。 [打印本页]

作者
Author: 熊小熊 时间: 2022-11-4 11:31
标题: GROMACS、mdrun指令中GPU调用问题疑惑。
本帖最后由熊小熊于 2022-11-4 11:32 编辑

大家好，我想请问一下模拟计算时，不同的指令造成的不同计算问题，计算机CPU为8核16线程；
命令一：gmx mdrun -v -deffnm md;
命令二：gmx mdrun -v -deffnm md -gpu_id 0 -ntmpi 1 -ntomp 8 ;
两条命令都能进行计算且不会报错，但是命令一的计算速度与命令二计算速度相差甚远，奇怪的是在之前我使用命令一同样能达到命令二的计算速度，不知道为什么突然需要指定线程计算了（是ubuntu系统的原因吗），不指定的话，GPU就调用不起来了，所以我想问问这是什么原因导致的，这两种执行命令计算的结果是否似乎存在差异，我使用相同的命令生成伞采conf.gro文件时，两种方式下的conf.gro数量相差很大，这又是为啥？感谢您的解惑

！

作者
Author: boqiang 时间: 2022-11-4 16:52
性能对比查看http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html

作者
Author: 熊小熊 时间: 2022-11-5 09:45
好勒，谢谢！

作者
Author: yihanxu 时间: 2022-11-8 22:15
请教一下，Persistence Mode需要打开吗？我用默认的off可以吗？

作者
Author: 熊小熊 时间: 2022-11-9 15:53

yihanxu 发表于 2022-11-8 22:15
请教一下，Persistence Mode需要打开吗？我用默认的off可以吗？

我没有改动过，就默认的。

作者
Author: yihanxu 时间: 2022-11-9 17:04

熊小熊发表于 2022-11-9 15:53
我没有改动过，就默认的。

谢谢

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