计算化学公社

标题: 采用Molclus程序调用xTB程序进行分子构象搜索总是出错 [打印本页]

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-4 19:20
标题: 采用Molclus程序调用xTB程序进行分子构象搜索总是出错
采用的是gfn 0 级别进行优化
报错信息
Current date: 2022-11-04 Time: 19:12:11
Loading geometry    15366 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 > xtb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    0 s

但是如果采用gfn 1 级别的就可以，每个分子耗时3s(16核CPU),但是我的分子构象候选比较多，一个分子由gentor 产生20000多，得耗时13小时
有什么办法解决gfn 0 级报错，可以快一些筛选吗

谢谢大家！

作者
Author: yjb 时间: 2022-11-5 22:25
增加一个迭代次数

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-6 00:10

yjb 发表于 2022-11-5 22:25
增加一个迭代次数

谢谢指导，我用的是win版的，也是刚入门，不知道从哪设置这块？

作者
Author: yjb 时间: 2022-11-6 00:20

GHL 发表于 2022-11-6 00:10
谢谢指导，我用的是win版的，也是刚入门，不知道从哪设置这块？

没用过win版本

作者
Author: yjb 时间: 2022-11-6 00:21

GHL 发表于 2022-11-6 00:10
谢谢指导，我用的是win版的，也是刚入门，不知道从哪设置这块？

xtb.xyz --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 --iterations 10000 > xtb.out 把命令加进去就行

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-6 08:45

yjb 发表于 2022-11-6 00:21
xtb.xyz --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 --iterations 10000 > xtb.out 把命令加进去就行

我加进去之后还是报错了
Current date: 2022-11-06 Time: 08:44:26
Loading geometry       8 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 --iterations 10000 > x
tb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    0 s

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 11:36

GHL 发表于 2022-11-6 08:45
我加进去之后还是报错了
Current date: 2022-11-06 Time: 08:44:26
Loading geometry 8 fro ...

显然打开看xtb.out才能判断原因
3秒钟算一个也没多慢。而且按下文末尾的方法批量计算，还能令筛选过程耗时降低几倍
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: snljty2 时间: 2022-11-6 12:45
参照http://bbs.keinsci.com/thread-23002-1-1.html设置环境变量XTBPATH了么？

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-7 16:06

snljty2 发表于 2022-11-6 12:45
参照http://bbs.keinsci.com/thread-23002-1-1.html设置环境变量XTBPATH了么？

设置了，还是照旧报错

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-7 16:07

GHL 发表于 2022-11-7 16:06
设置了，还是照旧报错

我用的是win版的，没看到out文件，不知道哪儿错了，只能用gfn 1级别，近5万个分子构象

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