计算化学公社

标题: Gaussian计算水溶剂中有机物的自由能，在水溶液环境下做opt和freq可以吗？ [打印本页]

作者
Author: 春华秋实 时间: 2022-11-5 09:27
标题: Gaussian计算水溶剂中有机物的自由能，在水溶液环境下做opt和freq可以吗？
各位老师好，我做的体系是苯酚和羟基自由基在水溶液中的反应，最终求反应吉布斯自由能和反应速率。我看了这两篇文章《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》。我就不使用最理想的M05-2X/6-31G*级别算溶解自由能了。就以shermo那篇文章中瑞德西韦在水溶液的自由能计算方法。1、在真空中做opt和freq。2、水溶液中算高精度单点。3、将单点能代入settings.ini，用shermo算出自由能然后加上1.89 kcal/mol。
  我的问题是：在方法第1、步的时候，可不可以在水溶液环境下做opt和freq？因为我之前做的opt和freq都是在水溶液环境下做的，如果非要在真空下做的话，我就需要重新再算一遍了。
                  还有一个问题是，我的体系算高精度单点的时候，用什么基组和泛函呢，m062x/def2TZVP 可以吗？（opt和freq用的m062x/6-31+g(d,p)）
                  最后一个问题是我这个体系需要加色散校正吗？(em=gd3bj)
                  非常感谢各位老师的解答。

作者
Author: chands 时间: 2022-11-5 11:06
（1）可以在水溶液环境下做opt freq，与气相中的opt freq应该没啥差别，前提是中性的苯酚不是带负电的苯氧根离子
（2）你这个体系高精度单点可以上CCSD(T)或DLPNO-CCSD(T)
（3）色散校正加了没坏事不加白不加。

作者
Author: 春华秋实 时间: 2022-11-5 13:19

chands 发表于 2022-11-5 11:06
（1）可以在水溶液环境下做opt freq，与气相中的opt freq应该没啥差别，前提是中性的苯酚不是带负电的苯氧 ...

谢谢老师，我还有点问题
（1）后续反应苯酚成有机自由基了，自由基可以在水溶液环境下做opt和freq吗？要不我还是索性在真空下再算一遍吧。
（2）高精度单点CCSD(T)或DLPNO-CCSD(T)是泛函吧，基组还继续用m062x吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-5 13:54

春华秋实发表于 2022-11-5 13:19
谢谢老师，我还有点问题
（1）后续反应苯酚成有机自由基了，自由基可以在水溶液环境下做opt和freq吗？要 ...

（1）只要不是离子，可以做水溶液的opt freq
（2）CCSD(T)和DLPNO-CCSD(T)不是泛函，是后自洽场方法，基组用cc系列的。如CCSD(T)/cc-pVTZ。DLPNO-CCSD(T)用ORCA才能做。

作者
Author: 春华秋实 时间: 2022-11-5 15:57

chands 发表于 2022-11-5 13:54
（1）只要不是离子，可以做水溶液的opt freq
（2）CCSD(T)和DLPNO-CCSD(T)不是泛函，是后自洽场方法，基 ...

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 11:16
算水中的反应，各个物质在溶剂模型下做opt freq相对于在真空下做，在结果精度层面总是有益无害，所以我总强调不知道该不该加溶剂模型就始终加上，免得必须加的时候初学者不加

作者
Author: 春华秋实 时间: 2022-11-6 12:08

sobereva 发表于 2022-11-6 11:16
算水中的反应，各个物质在溶剂模型下做opt freq相对于在真空下做，在结果精度层面总是有益无害，所以我总强 ...

知道了，谢谢社长。

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