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标题: 关于OTF-体系里添加一个Zn2+初始态结构位置的摆放问题 [打印本页]

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-5 15:15
标题: 关于OTF-体系里添加一个Zn2+初始态结构位置的摆放问题
这篇文献提到了含Zn2+和不含Zn2+两个体系的LUMO能量，现在想做一个类似的体系，我想请教一下各位老师，在OTF-这个体系里再添加一个Zn2+的话，Zn2+的位置摆放有什么要求吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-5 15:25
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-11-5 08:26 编辑

如果Zn2+可能的结合位点只有一个，或者只有少数几个且可以手动穷举，那就把所有可能的位点都试一遍，取自由能最低的。

如果明显有很多可能的结合位点，且无法手动穷举，那么必须通过构型搜索确定，构型搜索自动帮你找到最优的位置。此时不能手动摆

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-6 13:29

wzkchem5 发表于 2022-11-5 15:25
如果Zn2+可能的结合位点只有一个，或者只有少数几个且可以手动穷举，那就把所有可能的位点都试一遍，取自由 ...

嗯嗯好的，请教一下这个关键词是用opt+freq吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-6 15:23

xiaobai1 发表于 2022-11-6 06:29
嗯嗯好的，请教一下这个关键词是用opt+freq吗

构型搜索的方法参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 15:29

xiaobai1 发表于 2022-11-6 13:29
嗯嗯好的，请教一下这个关键词是用opt+freq吗

构型搜索可以molclus+genmer，看下文里的例子
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-11 20:14
本帖最后由 xiaobai1 于 2022-11-11 20:16 编辑

sobereva 发表于 2022-11-6 15:29
构型搜索可以molclus+genmer，看下文里的例子
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超 ...

sob老师我在确定了初始结构之后进行了结构优化，但是优化后的结构非常奇怪，环状结构被完全破坏了，这是我优化前后的结构，我用的关键词是opt+freq，请问这样有什么问题吗C:\Users\fpd\Desktop\1.pngC:\Users\fpd\Desktop\2.png

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-11 20:41

xiaobai1 发表于 2022-11-11 20:14
sob老师我在确定了初始结构之后进行了结构优化，但是优化后的结构非常奇怪，环状结构被完全破坏了，这是 ...

基组或者赝势没正确设置

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-16 10:49

sobereva 发表于 2022-11-11 20:41
基组或者赝势没正确设置

sob老师，这是我的gif文件，请问哪里写的不对，麻烦sob老师了
# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solvent=water) em=gd3bj

Title Card Required

2 1
O                -0.86776858 0.96074379 0.00000000
C                -1.94476858 0.03974379 -0.02400000
O                -2.87676858 0.92874379 0.57200000
C                -2.81576858 2.07374379 -0.24800000
C                -1.35776858 2.07874379 -0.69000000
H                -1.74076858 -0.82325621 0.64600000
H                -2.23176858 -0.26025621 -1.05400000
H                -3.52076858 1.95374379 -1.10100000
H                -3.09676858 2.96374379 0.35900000
H                -0.79476858 2.98074379 -0.36100000
H                -1.23076858 1.91974379 -1.78500000
Zn             -1.45976858 1.41474379 2.33000000

C H O 0
6-31+g(d,p)
****

Zn 0
SDD

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-11-16 11:10
本帖最后由冰释之川于 2022-11-16 11:12 编辑

xiaobai1 发表于 2022-11-16 10:49
sob老师，这是我的gif文件，请问哪里写的不对，麻烦sob老师了
# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solve ...

# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solvent=water) em=gd3bj

Title Card Required

2 1
O                -0.86776858 0.96074379 0.00000000
C                -1.94476858 0.03974379 -0.02400000
O                -2.87676858 0.92874379 0.57200000
C                -2.81576858 2.07374379 -0.24800000
C                -1.35776858 2.07874379 -0.69000000
H                -1.74076858 -0.82325621 0.64600000
H                -2.23176858 -0.26025621 -1.05400000
H                -3.52076858 1.95374379 -1.10100000
H                -3.09676858 2.96374379 0.35900000
H                -0.79476858 2.98074379 -0.36100000
H                -1.23076858 1.91974379 -1.78500000
Zn             -1.45976858 1.41474379 2.33000000

C H O 0
6-31+g(d,p)
****
Zn 0
SDD
****

Zn 0
SDD

参考《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 01:50

xiaobai1 发表于 2022-11-16 10:49
sob老师，这是我的gif文件，请问哪里写的不对，麻烦sob老师了
# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solve ...

分清楚gif和gjf

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-17 03:47

xiaobai1 发表于 2022-11-11 13:14
sob老师我在确定了初始结构之后进行了结构优化，但是优化后的结构非常奇怪，环状结构被完全破坏了，这是 ...

除了赝势的问题以外，还要注意必须做显式溶剂化，Zn的第一配位层必须用溶剂分子和/或抗衡离子配满，因为SMD等隐式溶剂模型不能正确描述金属的第一配位层的溶剂，尤其是+2价及以上的金属

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