计算化学公社

标题: 请问在做弱相互作用NCI分析时，cp2k中后周期过渡金属元素的基组该选哪个呢？ [打印本页]

作者
Author: yufeng 时间: 2022-11-5 22:44
标题: 请问在做弱相互作用NCI分析时，cp2k中后周期过渡金属元素的基组该选哪个呢？
sob老师教程里提到在做NCI分析周期性结构时，cp2k计算要选用6-311G**之类的基组，可是后周期元素例如Mo并没有这些基组，请问这些元素该用哪个基组计算呢？
我的体系包含270个原子（MoS2），用MOLOPT基组和GTH-PBE赝势得到的molden文件在用Multiwfn分析时非常慢，几个小时都分析不完。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 09:43
说具体当前用的什么MOLOPT基组，以及计算条件
另外，恰当设置计算的盒子范围，只包含感兴趣的区域，能大幅节约时间

作者
Author: yufeng 时间: 2022-11-6 10:26

sobereva 发表于 2022-11-6 09:43
说具体当前用的什么MOLOPT基组，以及计算条件
另外，恰当设置计算的盒子范围，只包含感兴趣的区域，能大幅 ...

sob老师您好，目前S用的是DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6和GTH-PBE-q6，Mo用的是DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q14和GTH-PBE-q14。我研究的是块体，整个盒子都要研究的。用的是48核的服务器，cp2k任务几分钟就可以完成，但是Multiwfn的NCI分析要5个小时以上。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 10:57

yufeng 发表于 2022-11-6 10:26
sob老师您好，目前S用的是DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6和GTH-PBE-q6，Mo用的是DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q14和GTH-PBE ...

改用TZVP-GTH

恰当设置盒子范围

作者
Author: yufeng 时间: 2022-11-6 11:09
本帖最后由 yufeng 于 2022-11-6 12:03 编辑

sobereva 发表于 2022-11-6 10:57
改用TZVP-GTH

恰当设置盒子范围

谢谢您的回复！TZVP精度更高，不是会导致计算更慢吗？是Multiwfn对于更好的波函数分析时间可以减少吗？

我现在S原子用TZVP-MOLOPT-PBE-GTH-q6，Mo原子用TZVP-MOLOPT-PBE-GTH-q14基组，然后格子大小是16*16*4 埃，格点间距用0.2，Multiwfn分析速度还是非常慢，半个小时只能分析不到8%。

GTH_BASIS_SETS中没有Mo的TZVP-GTH基组，我只好用BASIS_MOLOPT_UZH中的TZVP-MOLOPT-PBE-GTH基组。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 13:47

yufeng 发表于 2022-11-6 11:09
谢谢您的回复！TZVP精度更高，不是会导致计算更慢吗？是Multiwfn对于更好的波函数分析时间可以减少吗？
...

TZVP-GTH和TZVP-MOLOPT-GTH完全是两码事，S完全没必要用昂贵的TZVP-MOLOPT-GTH
也可以对S用def2-SVP
并且确保Multiwfn利用所有物理核心数并行了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 14:09
还有个节约耗时的办法，把settings.ini里的expcutoff_PBC改为-10，会牺牲一些精度

作者
Author: yufeng 时间: 2022-11-6 20:36
本帖最后由 yufeng 于 2022-11-6 20:37 编辑

sobereva 发表于 2022-11-6 13:47
TZVP-GTH和TZVP-MOLOPT-GTH完全是两码事，S完全没必要用昂贵的TZVP-MOLOPT-GTH
也可以对S用def2-SVP
并 ...

好的，谢谢sob老师。我现在用的S原子是TZVP-GTH，Mo原子是DZVP-MOLOPT-SR-GTH，应该不需要改了吧？
然后Multiwfn并行用的-nt 48。
16*16*4 埃的格子，不损失精度的情况下，Multiwfn大概40分钟能分析完，这样正常了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-7 10:12

yufeng 发表于 2022-11-6 20:36
好的，谢谢sob老师。我现在用的S原子是TZVP-GTH，Mo原子是DZVP-MOLOPT-SR-GTH，应该不需要改了吧？
然后 ...

正常

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