计算化学公社

标题: 如何求取平均结果及如何处理金属离子 [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2022-11-6 09:54
标题: 如何求取平均结果及如何处理金属离子

各位老师和前辈，在此请教GROMACS使用的两个问题：
   问题1：论文发表要求MD重复运行两次，然后报告平均结果，请问如何用命令求取两次运行的平均值？
   问题2：酶的活性口袋结合了一个金属离子（该离子可以稳定底物的构象），现要将结合在活性中心的对接配体和酶、金属离子的三元复合物进行分子动力学模拟，但我不清楚在模拟时如何处理金属离子。
   谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-6 10:02
发帖时候别用那么大字号，别人看着难受。如果自己眼睛不好，发帖时候放大页面，别用大字号

1 说具体模拟的什么体系的什么问题

2 说具体什么金属离子

但凡能说清楚的一律尽可能说清楚，别隐藏条件
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: charmm36 时间: 2022-11-7 15:45

sobereva 发表于 2022-11-6 10:02
发帖时候别用那么大字号，别人看着难受。如果自己眼睛不好，发帖时候放大页面，别用大字号

1 说具体模拟 ...

哈哈，好的，下次记住了，模拟的是Protein in Water。金属离子是Zn2+。想研究配体在酶活性中心的结合。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-8 10:33
1 你没说清楚你到底算的什么数据，怎么算平均结果无从谈起。

2 看Zn的结合方式。如果是形成稳定的配位键，而且你对配位区域的结构准确性有所要求，得按照金属蛋白的方式去模拟，一开始的拓扑文件里就体现出Zn和配体原子之间的bond、angle项。如果不知道配位区域的结构大致会是怎样，可以跑从头算动力学试图自发模拟出来（如GROMACS结合CP2K等），要么抠个簇模型（参考http://sobereva.com/597），用量化程序通过量化方法去优化出来可能的配位结构。

作者
Author: charmm36 时间: 2022-11-9 14:15

sobereva 发表于 2022-11-8 10:33
1 你没说清楚你到底算的什么数据，怎么算平均结果无从谈起。

2 看Zn的结合方式。如果是形成稳定的配位键 ...

好的好的，谢谢社长！对了，关于算平均结果，我是看到了这篇文献https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0024320520309577，原文是 “MD simulation run was repeated twice for 150 ns in constant temperature and pressure for both ligands and the results are reported on average”。我也纳闷作者是咋取的平均，莫非是两次重复运行的轨迹平均，如果是这样，那怎么算呢？还望指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-10 11:04

charmm36 发表于 2022-11-9 14:15
好的好的，谢谢社长！对了，关于算平均结果，我是看到了这篇文献https://www.sciencedirect.com/science/ ...

可能是对两次的RMSD、RMSF取平均

作者
Author: charmm36 时间: 2022-11-10 12:53

sobereva 发表于 2022-11-10 11:04
可能是对两次的RMSD、RMSF取平均

好的好的，谢谢社长！

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