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标题: molclus和genmer在服务器上的使用问题 [打印本页]

作者
Author: vigaryang 时间: 2016-5-25 16:06
标题: molclus和genmer在服务器上的使用问题
我的系统是 SUSE Linux Enterprise Server 10 (x86_64)登录root账户，执行./molclus 或 ./genmer后，出现以下提示：
error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

是说我的服务器上缺少libgfortran.so.3这个编译器么？我在网上搜索了一下，没发现适用于我的Linux系统的libgortran.so.3安装包，那该怎么解决这个问题？请行家解惑，谢谢！！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-25 18:12
在机子里装上gcc包就行了，gcc包里包括gfortran。缺的这个就是gfortran库文件

作者
Author: vigaryang 时间: 2016-5-25 23:46
本帖最后由 vigaryang 于 2016-5-25 23:47 编辑

sobereva 发表于 2016-5-25 18:12
在机子里装上gcc包就行了，gcc包里包括gfortran。缺的这个就是gfortran库文件

谢谢sob老师。我用gcc -v命令查看了下，发现已经安装了gcc 4.1.2。那么是不是说必须安装更高版本的gcc包才行？

为此，我参照一篇教程尝试安装gcc-4.5.0，安装结束后，输入gcc -v，发现仍然后是gcc 4.1.2。百思不得其解。
（所参照的教程是：http://wangjunle23.blog.163.com/blog/static/117838171201211522247960/）

我是linux小白，虽然自己在网上看了很多攻略并进行了尝试，无奈总是出错，不得不屡次打扰sob老师，很抱歉~

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-26 00:35

vigaryang 发表于 2016-5-25 23:46
谢谢sob老师。我用gcc -v命令查看了下，发现已经安装了gcc 4.1.2。那么是不是说必须安装更高版本的gcc包 ...

你输入gfortran看提示什么
gcc（GNU Compiler Collection）是个包，里面有gcc（GNU C Compiler）这个C语言编译器，也有gfortran这个Fortran语言编译器，还有些其它杂的。如果你没装其中的gfortran也是白搭

作者
Author: vigaryang 时间: 2016-5-26 11:10
本帖最后由 vigaryang 于 2016-5-26 13:44 编辑

sobereva 发表于 2016-5-26 00:35
你输入gfortran看提示什么
gcc（GNU Compiler Collection）是个包，里面有gcc（GNU C Compiler）这个C ...

输入gfortran -v后，显示如下：
node5:~ # gfortran -v
Using built-in specs.
Target: x86_64-suse-linux
Configured with: ../configure --enable-threads=posix --prefix=/usr --with-local-prefix=/usr/local --infodir=/usr/share/info --mandir=/usr/share/man --libdir=/usr/lib64 --libexecdir=/usr/lib64 --enable-languages=c,c++,objc,fortran,obj-c++,java,ada --enable-checking=release --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.1.2 --enable-ssp --disable-libssp --disable-libgcj --with-slibdir=/lib64 --with-system-zlib --enable-shared --enable-__cxa_atexit --enable-libstdcxx-allocator=new --program-suffix= --enable-version-specific-runtime-libs --without-system-libunwind --with-cpu=generic --host=x86_64-suse-linux
Thread model: posix
gcc version 4.1.2 20070115 (SUSE Linux)

另一方面，我尝试输入find / -name libgfortran.so.3，出现以下结果：

/home/program/ansys12/v121/aisol/CFXMeshApplet/lib/linux/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/lib/linux-amd64/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.3.0/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib64/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/lib/linux-amd64/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.3.0/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib64/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib64/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc/gcc-trunk/lib/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc/gcc-trunk/lib64/libgfortran.so.3

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-26 16:47
那你把/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里，让系统找动态库的时候能找到

作者
Author: vigaryang 时间: 2016-5-26 18:43

sobereva 发表于 2016-5-26 16:47
那你把/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里，让系统找动态库的时候能找到

sob老师，我把路径加到环境变量里了，此时再执行./molclus，错误信息变成了：Floating point exception。
网上有人说这是因为molclus软件的编译版本比我的服务器更高而导致，不知如何处理

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-26 20:07

vigaryang 发表于 2016-5-26 18:43
sob老师，我把路径加到环境变量里了，此时再执行./molclus，错误信息变成了：Floating point exception。 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 21)
你看看这个ifort编译的你能否运行

作者
Author: vigaryang 时间: 2016-5-26 22:36
本帖最后由 vigaryang 于 2016-5-26 22:39 编辑

sobereva 发表于 2016-5-26 20:07
你看看这个ifort编译的你能否运行

这个好像可以了！只是提示“forrtl: No such file or directory”而已，应该是缺少molclus的输入文件所致吧

谢谢sob老师！不知这个是免费版还是付费版？我的学生前几天付费购买了linux版本的molclus（含genmer和gentor)。那我让这个学生向您回个邮件？由于我之前输入./genmer时也存在同样的问题，因此能否也提供genmer和gentor的ifort编译版本？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-26 23:54

vigaryang 发表于 2016-5-26 22:36
这个好像可以了！只是提示“forrtl: No such file or directory”而已，应该是缺少molclus的输入文件所致 ...

你让他发邮件给我，我给他ifort编译的完整版，包括genmer和gentor

作者
Author: xiaojingling016 时间: 2019-3-5 22:22

sobereva 发表于 2016-5-26 16:47
那你把/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里，让系统找动态库的时候能找到

sob老师，您好，molclus_1.6_linux安装问题，我们计算是用的超算，看完molclus的使用说明有以下问题：1、启动molclus，在linux中怎样启动molclus呢，2、molclus调用高斯，对于linux版Gaussian，settings.ini中gaussian—path已经改为gaussian_path= "/gpfs1/share/apps/g09/g09"，molclus使用说明中“前提是程序所在目录已经加入到了PATH环境”不太懂是什么意思，是不是要在.bashrc中加入Gaussian的环境变量，是不是要添加以下内容
export g09root=/gpfs1/share/apps
export GAUSS_EXEDIR=$g09root
export GAUSS_SCRDIR=/gpfs1/home/phy/tmp

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-6 07:26

xiaojingling016 发表于 2019-3-5 22:22
sob老师，您好，molclus_1.6_linux安装问题，我们计算是用的超算，看完molclus的使用说明有以下问题：1、 ...

1 这属于Linux常识知识

把上一节得到的traj.xyz拷到molclus所在目录下。如果是Windows版，直接双击molclus.exe。如果是Linux版，进入molclus文件夹，输入./molclus。然后molclus就开始运行了。

2 你安装Gaussian的方法是错的，该怎么正确安装看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

Linux下正规方式配置了Gaussian，则直接输g09就能启动Gaussian09。gaussian_path里写绝对路径也可以

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