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标题: 求助学校平台计算的B3LYP/6-31G（d）几何优化没有log文件生成，请问为什么 [打印本页]

作者
Author: 27℃ 时间: 2022-11-6 23:49
标题: 求助学校平台计算的B3LYP/6-31G（d）几何优化没有log文件生成，请问为什么
求助学校平台计算的B3LYP/6-31G（d）几何优化，一开始也生成编码了，已经运行20多小时了，但就是没有log文件生成，为什么？请各位老师指教
gif文件开始的程序如下：
%mem=10GB
%chk=HMF1.chk
# opt b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=dichloroethane) em=gd3

谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-7 00:33
先跑一个特别小的分子（比如水分子），不指定%mem，看看是否也有类似问题

作者
Author: 27℃ 时间: 2022-11-7 00:52

wzkchem5 发表于 2022-11-7 00:33
先跑一个特别小的分子（比如水分子），不指定%mem，看看是否也有类似问题

老师，我看了是就没有开始，目前还没找出来为什么没算的原因

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-7 01:01
你是不是使用脚本提交任务，然后脚本里把相关计算文件复制到另一个目录去算（有的集群的提交任务脚本是这样），但是忘记把log/out文件复制回来了？

作者
Author: 27℃ 时间: 2022-11-7 01:05

zjxitcc 发表于 2022-11-7 01:01
你是不是使用脚本提交任务，然后脚本里把相关计算文件复制到另一个目录去算（有的集群的提交任务脚本是这样 ...

刚才我又用小分子试了一下，还是不算，是不是我的色散程序不对，请老师解惑
程序如下：
%mem=10GB
%chk=X.chk
# opt b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=dichloroethane) em=gd3

X

0 1
C                -2.36280000 -0.23820000 0.00010000
C                -2.41260000 -1.57790000 0.00000000
C                -1.26990000 -2.27920000 0.00000000
C                -0.08630000 -1.64480000 0.00000000
C                -0.02130000 -0.29820000 0.00010000
C                -1.17800000 0.39340000 0.00010000
C                1.17450000 0.36800000 0.00010000
O                1.20830000 1.74290000 0.00010000
C                2.46030000 2.38800000 0.00000000
O                2.22420000 -0.24660000 0.00010000
H                -3.29990000 0.34400000 0.00010000
H                -3.38480000 -2.09850000 0.00000000
H                -1.30610000 -3.38190000 0.00000000
H                0.81750000 -2.27640000 0.00000000
H                -1.19560000 1.49610000 0.00010000
H                2.27780000 3.48600000 -0.00010000
H                3.02960000 2.12340000 0.91900000
H                3.02950000 2.12330000 -0.91910000

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-7 01:36

27℃ 发表于 2022-11-6 18:05
刚才我又用小分子试了一下，还是不算，是不是我的色散程序不对，请老师解惑
程序如下：
%mem=10GB

色散校正有没有问题，自己删掉色散校正的关键词再跑一遍就知道了。
能通过自己试就能知道的问题，尽量不要问人。要有把问题事先自行简化再问人的能力

作者
Author: snljty2 时间: 2022-11-7 09:55
而且你这么写，没加%NProcShared或者%CPU，也没加其他的默认设置，是单核算。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-11-7 11:06
那有 .com 或者其它扩展名的文件吗

作者
Author: abdoman 时间: 2022-11-7 14:18
怎么投的任务，计算的命令是什么？
输入文件对不对，不影响计算输出。错误的文件也有输出。

作者
Author: 唐小梅 时间: 2022-11-8 18:50
我也和你有一样的问题，没有log文件。请问你解决了吗

作者
Author: 唐小梅 时间: 2022-11-9 17:15
真的很急

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-9 17:26

唐小梅发表于 2022-11-8 11:50
我也和你有一样的问题，没有log文件。请问你解决了吗

要是真急就不要干等楼主回复，先按2楼的方法试

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-11-9 17:34

唐小梅发表于 2022-11-9 17:15
真的很急

这种情况一般不是应该直接找平台的管理员吗？指导你使用本身就是他们的工作，别自己瞎鼓捣了，浪费时间。

作者
Author: 唐小梅 时间: 2022-11-9 19:22

GoldenBaby 发表于 2022-11-9 17:34
这种情况一般不是应该直接找平台的管理员吗？指导你使用本身就是他们的工作，别自己瞎鼓捣了，浪费时间。

哪个平台的管理员啊

作者
Author: 唐小梅 时间: 2022-11-9 19:23

wzkchem5 发表于 2022-11-9 17:26
要是真急就不要干等楼主回复，先按2楼的方法试

已经试过了，还是没有办法

作者
Author: 唐小梅 时间: 2022-11-9 19:24

wzkchem5 发表于 2022-11-7 00:33
先跑一个特别小的分子（比如水分子），不指定%mem，看看是否也有类似问题

不指定%mem，是指只输入不指定%mem，不用输入不指定%mem=12gb吗？（新生真的啥也不懂）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-9 19:48

唐小梅发表于 2022-11-9 12:22
哪个平台的管理员啊

你在什么服务器上提交的任务，就找哪个服务器的管理员。
如果你是在自己电脑上算的，那可以忽略那句话

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-9 19:51

唐小梅发表于 2022-11-9 12:23
已经试过了，还是没有办法

按照以下问题一一排查，并且详细回复排查结果，我们才能分析原因
（1）运行高斯的时候，终端上输出了什么内容？把输出的内容一字不差地复制上来我们看看
（2）有没有产生什么除了.log文件以外的文件？
（3）这是你第一次在这台机器上跑高斯吗？如果不是的话，以前跑高斯有没有遇到过问题（不止是没有.log文件的问题，也包括其他问题）？
（4）你是并行跑的还是串行跑的？
把这些问题全部回答了我们再分析，漏回答一个我们都会拒绝分析你的问题

作者
Author: 唐小梅 时间: 2022-11-9 21:07
要的，我刚才重新输入了参数，正在泡，跑出结果我给你说哈。我算小分子的时候都没有问题，我最近在算BODIPY体系，就经常出问题。最后表达我的感谢，感谢感谢，哈哈哈。

作者
Author: 唐小梅 时间: 2022-11-9 21:08

wzkchem5 发表于 2022-11-9 19:48
你在什么服务器上提交的任务，就找哪个服务器的管理员。
如果你是在自己电脑上算的，那可以忽略那句话

学校的服务器，我害怕被老师骂，哭唧唧

作者
Author: wxsxjj 时间: 2022-11-9 22:29

唐小梅发表于 2022-11-9 19:22
哪个平台的管理员啊

你用啥平台算的就找哪个呗

作者
Author: 27℃ 时间: 2022-11-24 22:15

唐小梅发表于 2022-11-9 17:15
真的很急

不好意思，后来解决了，是因为对平台不熟悉，平台一开始在排队根本没计算，所以没有log文件，后来开始算了就有log文件了。在此也谢谢各位老师指教。

作者
Author: 27℃ 时间: 2022-11-24 22:31

snljty2 发表于 2022-11-7 09:55
而且你这么写，没加%NProcShared或者%CPU，也没加其他的默认设置，是单核算。

好的谢谢老师，我再研究研究这个地方。

作者
Author: 27℃ 时间: 2022-11-24 22:34

wzkchem5 发表于 2022-11-7 01:36
色散校正有没有问题，自己删掉色散校正的关键词再跑一遍就知道了。
能通过自己试就能知道的问题，尽量不 ...

好的，谢谢老师。

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