标题: 求助帖：请教Lig Fit Prot的理解 [打印本页] 作者Author: charmm36 时间: 2022-11-7 11:30 标题: 求助帖：请教Lig Fit Prot的理解 各位老师和前辈，本人入门分子动力学模拟不久，想请教一下如下问题: 我看到MD模拟的文章（如https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2021/ra/d1ra04460e）在做rmsd分析（见附图）时，除了展示Prot Backone的rmsd和Lig fit Lig的rmsd，也会展示Lig fit Prot的rmsd。请问这里的Lig fit Prot是指先对ligand进行拟合，再计算protein backone的rmsd，还是先对protein backone进行拟合，再计算ligand的rmsd，亦或是其他意思？此外，我也不太清楚计算这种rmsd (Lig fit Prot)的意义。昨天在网上一直没找到答案，特来本平台求助，望各位老师和前辈能指导一下，不甚感激！
作者Author: enthalpy 时间: 2022-11-7 15:22
Prot Backbone 和 lig fit lig 分别对应 蛋白自身和lig 自身的RMSD。
lig fit Prot; 应该是用复合物中的蛋白去fit后，再去算lig的RMSD，反映的是lig相对于蛋白的运动。作者Author: charmm36 时间: 2022-11-7 15:43