计算化学公社

标题: 功能化碳纳米管电荷计算问题？ [打印本页]

作者
Author: ptg 时间: 2022-11-7 22:08
标题: 功能化碳纳米管电荷计算问题？
计划模拟蛋白在功能化的碳纳米管上的吸附，所以碳纳米管比较长，查文献后暂定约4000个C。接着要对碳纳米管进行修饰，因为原子数太多，不知道修饰后的碳纳米管的电荷应当如何计算。如果我均匀地在碳纳米管表面进行修饰，是否可以通过先计算一小部分电荷，然后再获得整体的电荷，这样具体又应该如何操作？此外，还想请教一下，模拟过程中不想让碳纳米管移动，打算增强他的刚性。此时多壁碳纳米管可以简化一下，用单壁来算吗？

请各位老师指教

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-8 12:59
可以对功能化的局部区域抠出个簇去计算原子电荷（用Multiwfn算RESP电荷时，可以要求只让基团以及与之近邻的几个碳原子电荷被拟合，而其它部分电荷为0），然后在sobtop的assign_AT.dat定义恰当的原子类型和对应的原子电荷，使得sobtop产生itp的时候能自动给各种基团及近邻的碳原子指认原子电荷。
更省事、粗糙的办法是让sobtop直接指认MMFF94原子电荷。

作者
Author: ptg 时间: 2022-11-9 09:08

sobereva 发表于 2022-11-8 12:59
可以对功能化的局部区域抠出个簇去计算原子电荷（用Multiwfn算RESP电荷时，可以要求只让基团以及与之近邻的 ...

感谢老师，我试一试再来问

作者
Author: ptg 时间: 2022-12-3 13:01

sobereva 发表于 2022-11-8 12:59
可以对功能化的局部区域抠出个簇去计算原子电荷（用Multiwfn算RESP电荷时，可以要求只让基团以及与之近邻的 ...

卢老师好，抱歉前面有别的事耽搁了，最近才又接着做这项工作。
目前我按照卢老师所说，扣出一个模型进行优化，Multiwfn计算RESP电荷，sobtop生成拓扑文件，但感觉电荷并不理想。
我看书上说N51与N55应当是等价的，也有别人在OPLS力场下拟合出咪唑型离子液体这两个N确实是等价的。但我计算出的明显N51带较大正电，N55带负电，差距较大；此外同一个C上多个H也并不等价，尤其是C43上的H。我知道上面这两个问题都可以通过编写eqvcons.txt解决，但不知这样是否合理？，请老师指教。
下面是优化完的结构与一些文件，fchk文件压缩完还是太大。
(, 下载次数 Times of downloads: 17)
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-4 00:59

ptg 发表于 2022-12-3 13:01
卢老师好，抱歉前面有别的事耽搁了，最近才又接着做这项工作。
目前我按照卢老师所说，扣出一个模型进行 ...

N51和N55根本就不可能完全等价。且不说构象，光是化学环境就不完全相同。某些基于OPLS-AA力场里二者等价并不说明任何问题，强制设成相同只不过是个近似罢了。

拟合静电势电荷应当用相对平直、舒展、让原子尽可能多暴露出来的构象，这是基本常识

以标准两步式RESP拟合，H47、H48的原子电荷不可能不同。本来默认就对CH2的两个氢做了等价性约束

过大的文件显然要传网盘

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)