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标题: 用gmx_mpi -editconf 加盒子，膜不能平行与盒子xy轴？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2022-11-7 22:40
标题: 用gmx_mpi -editconf 加盒子，膜不能平行与盒子xy轴？
本帖最后由灵芝5 于 2022-11-7 22:46 编辑

您好！
我想跑一个膜蛋白加小分子的体系，用gmx_mpi editconf -f pro_popc.pdb -o nocenter.pdb -c -box 13.0000 13.0000 20.0000这个指令给体系加盒子，但是加过之后膜有倾斜，体系整体相对于加盒子之前坐标也有平移，请问怎么样可以让膜平行于盒子xy轴，在盒子中间？

下面是指令输出内容和加过盒子的pdb截图，附件是加盒子之前和之后的pdb。

Read 40646 atoms
No velocities found
system size : 12.657 11.727 12.323 (nm)
center    : 10.213 11.631  9.269 (nm)
box vectors :  0.000  0.000  0.000 (nm)
box angles  : 0.00 0.00 0.00 (degrees)
box volume  : 0.00             (nm^3)
shift    : -3.713 -5.131  0.731 (nm)
new center    :  6.500  6.500 10.000 (nm)
new box vectors : 13.000 13.000 20.000 (nm)
new box angles  :  90.00  90.00  90.00 (degrees)
new box volume  :3380.00             (nm^3) (, 下载次数 Times of downloads: 13) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: Puying 时间: 2022-11-7 23:09
可以用gmx editconf -rotate这个命令

作者
Author: 灵芝5 时间: 2022-11-8 10:41
感谢您的答复！
请问怎么确定旋转多少度？
另外，我用CHARMM-GUI官网的member build模块生成的膜，再把膜align到蛋白的坐标上。我注意到生成盒子的坐标和CHARMM-GUI官网生成膜的坐标是平行的，这是为什么？
图片里紫色是gromacs生成的盒子，绿色是CHARMM-GUI官网生成的膜。

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