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标题: 求助：gmx跑液体系统怎么求分子体积 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-11-8 01:54
标题: 求助：gmx跑液体系统怎么求分子体积
各位老师好，我目前跑液晶系统，分子都是致密地挤在一起的，所以我就直接用总的box体积除分子个数来算分子体积，但是和其他文献对比的时候，发现另一篇文献是通过密度和摩尔质量算的摩尔体积，换算之后比我的体积要小一些，请问哪种计算方法是合理的？而且我发现文献里用和我一样的联合原子力场，但是他算摩尔质量时没算那些力场忽略的氢原子，请问这个是正确的吗？感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-8 12:55
文献跟你的做法是等价的。数值差异是其它模拟因素

联合原子力场把非极性氢的质量已经归到了相连的重原子上

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-11-9 03:25

sobereva 发表于 2022-11-8 12:55
文献跟你的做法是等价的。数值差异是其它模拟因素

联合原子力场把非极性氢的质量已经归到了相连的重原子 ...

原来如此！感谢sob老师！

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