计算化学公社

标题: molclus中isostat给20核后，运行仍然单核 [打印本页]

作者
Author: 哈哈 时间: 2022-11-8 09:48
标题: molclus中isostat给20核后，运行仍然单核
老师，您好，麻烦帮我看看。我采用molclus_1.9.9.9_Linux中isostat进行排序时想用并行，图1是我的命令，采用20核。图2是我top后看到的CPU使用情况，想问老师是否还需要其他操作？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-8 12:50
确保isostat用的是目前molclus官网上最新版的。如果还这样，上传压缩后的xyz文件

作者
Author: 哈哈 时间: 2022-11-8 15:53
本帖最后由哈哈于 2022-11-8 15:56 编辑

我想看看小分子在腔洞内可能的构象，我截取了前六个构象给您，谢谢老师

作者
Author: 星纹c 时间: 2022-11-8 17:08
可以看看是不是别的软件在.bashrc里限制了并行数量，之前就被xtb整过一次

作者
Author: 哈哈 时间: 2022-11-8 18:43

星纹c 发表于 2022-11-8 17:08
可以看看是不是别的软件在.bashrc里限制了并行数量，之前就被xtb整过一次

谢谢你我xtb也给的20 两者给的一样的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-9 13:13

哈哈发表于 2022-11-8 15:53
我想看看小分子在腔洞内可能的构象，我截取了前六个构象给您，谢谢老师

就区区六个构象，根本没法测试并行情况

如果希望我回复，回我帖子的时候点击帖子下方的回复按钮，否则我收不到提示

作者
Author: 哈哈 时间: 2022-11-10 10:18

sobereva 发表于 2022-11-9 13:13
就区区六个构象，根本没法测试并行情况

如果希望我回复，回我帖子的时候点击帖子下方的回复按钮，否则 ...

好的谢谢老师 200个行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-10 11:29
你这个已经不算是小分子的范畴了，而是小肽，并不是molclus和isostat的适用范畴
如果你想得到有代表性的结构，建议用GROMACS的gmx cluster命令对轨迹做簇分析

作者
Author: 哈哈 时间: 2022-11-10 14:44

sobereva 发表于 2022-11-10 11:29
你这个已经不算是小分子的范畴了，而是小肽，并不是molclus和isostat的适用范畴
如果你想得到有代表性的结 ...

谢谢老师我去试试

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)