计算化学公社

标题: QM/MM计算二维自由能面的能量如何获得？ [打印本页]

作者
Author: casea 时间: 2022-11-8 11:02
标题: QM/MM计算二维自由能面的能量如何获得？
本帖最后由 casea 于 2022-11-8 11:20 编辑

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各位老师，如题。当使用amber+gaussian对蛋白配体复合物跑完了QMMM时，如何计算获得不同反应坐标下的自由能？
另外对于选择出的TS和IM，是将QM区域抠出来单独计算能量从而获得反应能垒，还是对整个体系使用QM/MM进行单点能计算，抑或是有其他的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-8 12:40
计算每帧结构的相应两个d值，投影到图上，图的不同位置的概率密度就相应地不同，参考下文折算成相对自由能就完了
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

参看
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

作者
Author: ene 时间: 2022-11-8 16:15
最好做增强采样自由能计算，直接统计常规模拟中出现的构象数量很容易得到不收敛的结果。

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