计算化学公社

标题: 求助：amber与Gaussian连用进行QMMM模拟，无法调用高斯，具体该怎么调用？ [打印本页]

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-8 16:06
标题: 求助：amber与Gaussian连用进行QMMM模拟，无法调用高斯，具体该怎么调用？
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-11-8 16:07 编辑

各位老师好，我现在准备用amber和Gaussian连用进行QMMM模拟，根据amber手册，编写了输入文件，用sander命令进行跑MD，出现报错：
| Program g16 not found!
| Program g09 not found!
SANDER BOMB in subroutine check_installation (qm2_extern_util_module)
Executable "g03" not found
Please check that "g03" is in your path

我在帖子中关于这类问题是因为没有设置好高斯的路径amber调用gaussian做qmmm报错 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)，以前没有连用过amber和Gaussian，不知道具体应该怎么设置路径，是要在输入文件中添加还是在哪里输入呢？还有这里有g16，g09，g03，我们组用的是g16，希望老师们方便的时候指导我一下！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-9 13:15
依据报错提示解决
当前提示g03找不到，显然应当确保在命令行下直接输入g03就能启动Gaussian 03。

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-9 14:06

sobereva 发表于 2022-11-9 13:15
依据报错提示解决
当前提示g03找不到，显然应当确保在命令行下直接输入g03就能启动Gaussian 03。

谢谢sobereva的指导！我们linux上面装的是g16，是需要source一下吗？我对这个上面的操作不是很清楚
[FRrst]$ source g16-env.sh
[FRrst]$ g16
Entering Gaussian System, Link 0=g16
FIO/stdio: No such file or directory
FIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /Scratch/Gau-219415.inp
In source file ml0.f, at line number 197
addr2line: 'g16': No such file
g16() [0x1677be7]
我在当前文件夹下这么操作了一下（这是我的胡乱操作），不知道具体怎么去找

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-9 14:08

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-11-9 14:06
谢谢sobereva的指导！我们linux上面装的是g16，是需要source一下吗？我对这个上面的操作不是很清楚
[FRr ...

先把此文看了了解相关常识，根据实际情况解决
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-9 14:22

sobereva 发表于 2022-11-9 14:08
先把此文看了了解相关常识，根据实际情况解决
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva. ...

谢谢sobereva老师的指导！我现在去看看

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-9 16:36

sobereva 发表于 2022-11-9 14:08
先把此文看了了解相关常识，根据实际情况解决
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva. ...

sobereva老师，我根据您发的，重新改了一下，然后出现了这种错误，这是怎么回事呀，希望老师方便的时候给予指导！
/etc/profile.d/modules.sh: line 6: /usr/share/Modules/init/sh: No such file or directory
/etc/profile.d/modules.sh: line 6: /usr/share/Modules/init/sh: No such file or directory
bash: gau-machine: command not found
my job id is 94819.node200
run nodes is following:
gpu
gpu
gpu
gpu
begin time is Wed Nov 9 16:12:28 CST 2022
-------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
-------------------------------------------------------
Error: software termination
rax 00000000000001df, rbx 00007ffe43119ba0, rcx 00007ffe4311bbb8
rdx 0000000000000001, rsp 00007ffe43117af0, rbp 00007ffe43117af0
rsi 0000000022febe20, rdi 00007ffe43117b38, r8  0000000022ff2680
r9  2020202020202000, r10 0000000000000000, r11 00002aed0b8d5580
r12 0000000022febe20, r13 00007ffe4311bbb8, r14 0000000000001107
r15 0000000000000efa
Error: software termination
rax 0000000000000309, rbx 00007ffe51d60410, rcx 0000000000000008
rdx 0000000000000008, rsp 00007ffe51d5e370, rbp 00007ffe51d5e3b0
rsi 0000000022febe20, rdi 2020202020202000, r8  2020202020202020
r9  2020202020200020, r10 0000000000000000, r11 00002b34300d3580
r12 0000000022febe20, r13 00007ffe51d62428, r14 00000000000007be
r15 0000000000001843
Error: software termination
rax fffffffffffffffc, rbx 00007fff8db123c0, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000000000, rsp 00007fff8db12388, rbp 0000000000000001
rsi 00007fff8db123c0, rdi 0000000000011108, r8  00002b3930d8e700
r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000246
r12 00007fff8db123e0, r13 00007fff8db17db0, r14 0000000000000000
r15 00007fff8db18db0
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[65293,1],1]
  Exit code: 1
--------------------------------------------------------------------------
end time is Wed Nov 9 16:12:29 CST 2022
/etc/profile.d/modules.sh: line 6: /usr/share/Modules/init/sh: No such file or directory

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-10 11:02

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-11-9 16:36
sobereva老师，我根据您发的，重新改了一下，然后出现了这种错误，这是怎么回事呀，希望老师方便的时候给 ...

Gaussian没恰当安装，否则不会有gau-machine: command not found的提示

你先确保机子里的Gaussian能以正常方式使用再说Amber调用的事

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Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-10 16:12

sobereva 发表于 2022-11-10 11:02
Gaussian没恰当安装，否则不会有gau-machine: command not found的提示

你先确保机子里的Gaussian能以 ...

sobereva老师，我在终端上面直接用g16 < .com > .out，是可以运行的，然后我根据帖子上面说的，我在主目录里的.bashrc上面加入了
g16root=/public/software/apps/g16
export GAUSS_SCRDIR=/Scratch
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
出现了下面这种错误
| Program g16 found!
SANDER BOMB in subroutine check_installation (qm2_extern_util_module)
Internal error reading from file with path location of executable.
Quitting now.
老师，这是不是还是路径没有设对的原因啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-11 09:10

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-11-10 16:12
sobereva老师，我在终端上面直接用g16 < .com > .out，是可以运行的，然后我根据帖子上面说的，我在主 ...

我自己不用这功能。我随便搜了下手册
executable： Optional name of the Gaussian executable. (Default: If a string for this namelist variable is not
specified then g16, g09, and g03 are tried in that order producing a fatal error if none are found.
Note that if a string is specified then it is a fatal error if that executable is not found.)

把这个设成g16可执行文件的实际路径试试

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Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-11 09:48

sobereva 发表于 2022-11-11 09:10
我自己不用这功能。我随便搜了下手册
executable： Optional name of the Gaussian executable. (Defaul ...

sobereva老师，实在不好意思，我刚刚看了，我不知道应该从哪里设置，老师您可以说的再详细一点嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-11 11:10

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-11-11 09:48
sobereva老师，实在不好意思，我刚刚看了，我不知道应该从哪里设置，老师您可以说的再详细一点嘛

搜手册相应部分，看上下文

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