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标题: 用gromacs加离子时报错，小分子的itp有原子重复？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2022-11-8 17:23
标题: 用gromacs加离子时报错，小分子的itp有原子重复？
您好！
我想做一个蛋白和小分子（tto）的模拟，用charmm36-mar2019.ff力场转化了小分子的力场得到tto.itp，蛋白和popc都是用charmm36-mar2019.ff力场生成参数，用gmx_mpi grompp -maxwarn 1 -f ions.mdp -c remove_transmember_water.pdb -p topol.top -o ions.tpr指令生成ions.tpr，

输入后程序报错如下：
ERROR 1 [file tto.itp, line 1020]:
Duplicate atom index (36) in virtual_sites3

ERROR 2 [file tto.itp, line 1021]:
Duplicate atom index (37) in virtual_sites3

请问这是什么原因？怎么可以解决报错？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-9 12:48
不上传报错直接涉及的tto.itp没人能回答

作者
Author: 灵芝5 时间: 2022-11-11 10:27
这是报错的tto.itp。
另外，这个小分子的结构中有二氯苯环结构，有卤键。我在网上查了一下，需要给卤键创建虚拟位点，模仿卤键的性质。但是不知道在tto.itp中虚拟位点怎么改？
可能认知也不太对，希望各位老师能帮助解答。

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