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标题: MDAnalysis编码出错 [打印本页]

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Author: Jam_ 时间: 2022-11-8 18:15
标题: MDAnalysis编码出错
请问各位老师，我在使用MDAnalysis调用Universe函数时候出现gbk编码错误，请问这是什么原因产生的？应该怎么解决
我从网上获得一些解决方法，但是都不管用：1.使用encoding = 'utf-8'，2.使用notepad++进行编码转换

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-11-8 18:16
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作者
Author: laoman 时间: 2022-11-8 18:23

Jam_ 发表于 2022-11-8 18:16

一个可以在Linux尝试的命令是 dos2unix *.top
而且这里提示7565行出问题了，你检查一下top的7565行，是不是有什么特殊符号？

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-11-8 18:29

laoman 发表于 2022-11-8 18:23
一个可以在Linux尝试的命令是 dos2unix *.top
而且这里提示7565行出问题了，你检查一下top的7565行，是 ...

谢谢回答，刚试了您的方法，把top文件转换了下，还是没能解决这个问题
我的文件没有7565行，总字数也不错160多。我把用到的trr和top附上，麻烦您帮我看看

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-11-8 18:33
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不好意思，trr文件太大了，上传不了
这里有top应该也能测试

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-11-8 18:58

Jam_ 发表于 2022-11-8 18:29
谢谢回答，刚试了您的方法，把top文件转换了下，还是没能解决这个问题
我的文件没有7565行，总字数也不 ...

这里说的7565行应该指的是考虑所有#include的情况，所以只有top文件不一定能看出来问题在哪里，可以考虑用tpr和trr文件，这样可能更方便，mda.Universe('abc.tpr','abc.trr')

作者
Author: laoman 时间: 2022-11-8 19:06
你这个是在top里面nclude了其他top/itp文件，没法检查include的文件。grompp有-pp选项，可以把所有参数到提取到一个top（大概几千到几万行）文件。你用那个top文件再试试吧

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-11-8 21:49
本帖最后由 Jam_ 于 2022-11-8 21:52 编辑

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@laoman 老师，我用了你的方法把所有include放在一起，然后运行程序，还是会出错，我找到具体位置，私以为和别的字符没什么区别
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作者
Author: Jam_ 时间: 2022-11-8 21:53
@Frozen-Penguin 老师，我使用你的方法，不知道为什么程序没有结果输出
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作者
Author: laoman 时间: 2022-11-8 23:53

Jam_ 发表于 2022-11-8 21:49
@laoman 老师，我用了你的方法把所有include放在一起，然后运行程序，还是会出错，我找到具体位置，私以 ...

你的topol文件有25301个原子，我随便找了个相同原子的pdb来当轨迹，可以正常读取。gbk编码涉及中文路径或者中文字符以及标点符号之类的。你再仔细检查一下吧。
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（在ipython中先运行了import MDAnalysis as mda）

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-11-9 09:23

laoman 发表于 2022-11-8 23:53
你的topol文件有25301个原子，我随便找了个相同原子的pdb来当轨迹，可以正常读取。gbk编码涉及中文路径或 ...

谢谢老师，我昨晚试了别的方法，用tpr代替top文件配合trr生成轨迹，已经解决了
（top = 'mdd.tpr'
trj = 'md.trr'
sys = mda.Universe(top, trj, topology_format='TPR', format='XTC')

我也认为我的top文件出问题了，position 283应该代表是283个字符，但是我认真检查了第283个字符（是TAB键）和别的TAB没什么区别，很是奇怪

作者
Author: Jam_ 时间: 2022-11-9 09:24

Frozen-Penguin 发表于 2022-11-8 18:58
这里说的7565行应该指的是考虑所有#include的情况，所以只有top文件不一定能看出来问题在哪里，可以考虑 ...

谢谢老师，昨晚我认真检查了代码，用您的方法生成了最终结果

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