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标题: Gromacs 2021.6版本能否替代2019.6版本成为主要生产力版本? [打印本页]

作者
Author: lmch 时间: 2022-11-8 18:23
标题: Gromacs 2021.6版本能否替代2019.6版本成为主要生产力版本?
7月8日，gmx2021.6版本发布，官方宣称修正了GPU计算的相关BUG

Fix missing synchronization in CUDA update kernels¶
When using GPU update with SETTLE or LINCS constraints, virial calculations could have been incorrect on Volta and newer NVIDIA GPUs, which in turn would lead to incorrect pressure. The GPU update is not enabled by default, so the error can only appear in simulations where it was manually selected, and even in this case the error might be rare since we have not observed it in practice in the testing we have performed.

To check whether your runs could have been affected, please examine your mdrun log file:

Look for the line “GPU support: CUDA”;
Look for the line “PP task will update and constrain coordinates on the GPU”;
Check whether any GPU the value of “compute cap.” 7.0 or higher in the “GPU Info:” section.
If all three are present, than the bug could have perturbed the virial calculation and, in turn, led to incorrect pressure coupling. All GROMACS version prior to 2021.6 and 2022.0 that allow offloading of the update and constraint calculations to GPUs are affected.

Issue 4393

2019.6版本因稳定而支持较新的GPU加速而被广为使用，但新版本（GMX>2020）的-update gpu选项实在令人眼馋。
随着官方修复了GPU update 的相关bug，现在能否将gmx 2019.6版本升级到2021.6版本进行生产力计算？各位大佬在使用中是否发现了有其他的BUG？

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-11-8 19:09
我一向只用最新版。。

作者
Author: 波波波 时间: 2022-11-8 21:39
有没有大神弄一个Windows版GPU加速的2021.6呢？

作者
Author: 夏一天 时间: 2022-11-8 22:34

波波波发表于 2022-11-8 21:39
有没有大神弄一个Windows版GPU加速的2021.6呢？

同求Windows版GPU 2021.6

作者
Author: frank666 时间: 2022-11-9 10:44
实在想在window环境下用最新的gromacs，装个WSL2就可以了，支持CUDA的

作者
Author: Acee 时间: 2022-11-9 12:17

夏一天发表于 2022-11-8 22:34
同求Windows版GPU 2021.6

可以自己编译一个

作者
Author: 牧生 时间: 2022-11-10 16:24
本帖最后由牧生于 2022-11-10 16:39 编辑

今天尝试自己自己编译一个CPU版本的2021.6，花了大概3个小时。因为是在自己的小笔记本上搞的，网速也不是特别快，编译过程中的速度也马马虎虎。跑起来没有问题，已经足够了。

平时都是在我的小服务器上跑，然后弄到笔记本上做分析。搞这个自己手动编译win版，主要是想让服务器和笔记本上用的版本相同，这样比较方便操作。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-11-11 11:22

牧生发表于 2022-11-10 16:24
今天尝试自己自己编译一个CPU版本的2021.6，花了大概3个小时。因为是在自己的小笔记本上搞的，网速也不是特 ...

为啥不用WSL呢

作者
Author: 牧生 时间: 2022-11-11 14:13
本帖最后由牧生于 2022-11-11 21:43 编辑

喵星大佬发表于 2022-11-11 11:22
为啥不用WSL呢

(, 下载次数 Times of downloads: 21)

我平时就是三台电脑联用的。

1号机是内网的，必须装3SIXO，也还有别的一些必须装的软件，一直在扫描电脑的一举一动和所有文件。坚决不能装任何不可描述（破改）的软件，原则上不能装管理员不认识的软件，系统是定制的,WPS也是定制，也不能WSL，没有独显。。但胜在CPU性能非常不错，有时候在win下做分析，就放到这上面来做。所以必须要用一个绿色的win版的gmx，检查来了就删掉，检查走了就拷回去。

2号机是笔记本，不可描述的软件都在这上面，gmx建模和预平衡一般都在这上面。手机开热点联网。

3号机就纯属劳动力了。

1号和2号机用KM link可以无缝连接，最大的作用就是两机可以共享一套鼠标键盘，可以非常快速的拷贝文件。

2号和3号机用AB网线连接，并把2号机的网卡共享给3号机用，用winscp把2号和3号机连接进行文件的上传下载，无缝连接2号和3号。并且有时候把2号屏幕拓展到3号，美滋滋。

总之，以2021.6为主力了。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-12-1 04:03
我由于常常用plumed，所以我都是先看plumed，再决定用哪个版本的gromacs。

https://www.plumed.org/doc-v2.7/ ... ation.html#Patching

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2022-12-9 11:44

波波波发表于 2022-11-8 21:39
有没有大神弄一个Windows版GPU加速的2021.6呢？

同求Windows版GPU 2021.6

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