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标题: 溶剂化能量计算相关问题 [打印本页]

作者
Author: Yuqibai 时间: 2022-11-8 20:15
标题: 溶剂化能量计算相关问题
大家好，我想问一个关于加入溶剂化之后该计算什么能量的问题？我看了关于溶剂化模型的帖子，但是我有一点不明白：在未加入溶剂化效应之前，我计算的是气相条件下的能量=单点能+吉布斯自由能校正值（这两个值可以直接在相应的out.文件中直接获取到）；那么在加入溶剂化效应之后，计算的能量也是按照上面能量公式计算么？但是我看帖子里面写的是要计算溶剂化能量（等同于上面的能量吗？），我不太明白计算溶剂化能量与我气相条件下算的吉布斯自由能是一个概念么？还是加入溶剂化效应之后仍然是 “总能量=单点能 + 吉布斯自由能校正值”，但是单点能不可以直接获取而是 “单点能=液相单点能 - 气相下的单点能”。谢谢大家解答！谢谢！

作者
Author: chands 时间: 2022-11-9 00:27
物质在溶剂中的Gibbs自由能=气相Gibbs自由能+溶解(Gibbs)自由能
溶解（Gibbs）自由能=加隐式溶剂模型后算的单点能-不加隐式溶剂模型算的单点能。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-9 13:08
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

里面写得非常清楚，实际例子都给了

作者
Author: Yuqibai 时间: 2022-12-10 11:27

sobereva 发表于 2022-11-9 13:08
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thre ...

请问有关于“粗人”方法计算溶剂化能量的文献么？文中和我另外找的几篇文献里面计算的溶剂化能量的方法里，没有直接再最后加1.89 kcal/mol 的公式，但是写文章需要具体文献引用？谢谢，可能是我找的文献不太对，但是我确实没找到相关的 +1.89kcal/mol 的文献，谢谢！请指教

作者
Author: chands 时间: 2022-12-10 13:35

Yuqibai 发表于 2022-12-10 11:27
请问有关于“粗人”方法计算溶剂化能量的文献么？文中和我另外找的几篇文献里面计算的溶剂化能量的方法里 ...

这个1.89 kcal/mol是标准态问题。算溶剂化自由能是对“一个”分子算的，对应的标准态是气相浓度1 mol/L的气体溶解到溶液中生成1 mol/L溶液的溶剂化自由能，但是通常气相的标准态是1 atm（或1 bar），于是要加上1 atm（或1 bar）气体加压到1 mol/L的自由能变，就是1.89 kcal/mol。

作者
Author: Yuqibai 时间: 2022-12-10 14:24

chands 发表于 2022-12-10 13:35
这个1.89 kcal/mol是标准态问题。算溶剂化自由能是对“一个”分子算的，对应的标准态是气相浓度1 mol/L的 ...

请问这句话是在哪篇文献上有讲么？或者是哪本书上有讲吗？我是这样计算的，但是写文章后面想引一下这个方法的出处，但是我没有找到相关文献，请指教，谢谢！

作者
Author: chands 时间: 2022-12-10 14:30
本帖最后由 chands 于 2022-12-10 14:39 编辑

Yuqibai 发表于 2022-12-10 14:24
请问这句话是在哪篇文献上有讲么？或者是哪本书上有讲吗？我是这样计算的，但是写文章后面想引一下这个方 ...

不需要。物理化学常识。所有文章都说标准态转换要加1.89 kcal/mol，都没引用文献，有些正文没提，直接放附件。我算给你看
ΔG1 = ΔG0 + RT ln (c1/c0), c0 = 1 atm = 0.0408 mol/L， c1 = 1 mol/L
ΔG1- ΔG0 = 8.314 *298.15 * ln (1/0.0408) J/mol = 7.93 kJ/mol = 1.89 kcal/mol

作者
Author: Yuqibai 时间: 2022-12-10 14:49

chands 发表于 2022-12-10 14:30
不需要。物理化学常识。所有文章都说标准态转换要加1.89 kcal/mol，都没引用文献，有些正文没提，直接放 ...

好的好的，非常感谢！

作者
Author: Yuqibai 时间: 2022-12-17 21:23

sobereva 发表于 2022-11-9 13:08
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thre ...

请问溶解自由能=溶剂单点能-气相条件下单点能，在您给出的参考文献里面提供的是
ΔG solv = (E soln + G nes) - E gas，与溶解自由能相差了一个G nes 。请问之间有什么区别么？还有算溶剂模型的时候PCM模型与SMD模型之间有什么区别么？我没查找到相关的资料，谢谢！麻烦您们解答问题！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-18 11:36

Yuqibai 发表于 2022-12-17 21:23
请问溶解自由能=溶剂单点能-气相条件下单点能，在您给出的参考文献里面提供的是
ΔG solv = (E soln + G ...

Gnes是非极性部分贡献。SMD里充分考虑了

PCM和SMD的关系这里都说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作者
Author: Yuqibai 时间: 2022-12-18 20:41

sobereva 发表于 2022-12-18 11:36
Gnes是非极性部分贡献。SMD里充分考虑了

PCM和SMD的关系这里都说了

好的谢谢

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