计算化学公社

标题: 请教怎么用gmx trjconv去除gro文件的水分子？ [打印本页]

作者
Author: Yothy 时间: 2022-11-9 14:02
标题: 请教怎么用gmx trjconv去除gro文件的水分子？
我想把模拟完的体系用vmd查看轨迹，但是不知道怎么把水分子删掉。。。看到论坛里提到用gmx trjconv去除水分子，请问命令是什么呀，我自己没有搜索到

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-9 14:02
保存轨迹/结构时，selected atoms用not water，参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: Yothy 时间: 2022-11-9 14:41

sobereva 发表于 2022-11-9 14:02
保存轨迹/结构时，selected atoms用not water，参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com ...

谢谢老师！
请问老师我做的是蛋白和有机小分子的模拟，查看轨迹发现某些帧配体会突然跳出来，然后下一帧又回去了，请问这是什么原因呀老师，该怎么解决呢？或者说这个问题跟您文章“谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因”http://sobereva.com/632 是一样的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-10 11:05

Yothy 发表于 2022-11-9 14:41
谢谢老师！
请问老师我做的是蛋白和有机小分子的模拟，查看轨迹发现某些帧配体会突然跳出来，然后下一帧 ...

原因一样

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