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标题: HPO42-用SOBtop生成电荷问题 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-11-9 20:57
标题: HPO42-用SOBtop生成电荷问题
我用高斯画得HPO42-离子，最终为.pdb文件，然后想用sobtop 生成GAFF力场得top文件，我是仿照碳纳米管生成.top文件的例子，把HPO42-手动设置原子类型，然后按照那个例子进行的，就是生成的.top文件atom部分中原子没有电荷，是我的操作方法有问题？下边是我设置的原子类型，和生成的.top文件

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作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-9 21:15
显然得自己计算
把http://sobereva.com/soft/Sobtop/里的例子从头看完整，别跳着看

作者
Author: zaqxs234 时间: 2022-11-9 21:19
Sobtop需要调用Multiwfn或OpenBabel自动指认EEM、Gasteiger、MMFF94原子电荷，还可以载入Multiwfn计算RESP/RESP2等电荷产生的chg文件来获得原子电荷，你仿照碳纳米管的例子没有算电荷当然是0了呀。具体做法是启动Sobtop后，在主菜单里选7 Assign atomic charges，再选10 Load atomic charges from .chg file of Multiwfn，输入.chg文件的路径，然后回到主菜单，按照前面的例子操作即可。图省事的话，也可以在Sobtop主菜单里直接输入.chg文件的路径，也会从里面载入原子电荷。

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-11-10 10:05

zaqxs234 发表于 2022-11-9 21:19
Sobtop需要调用Multiwfn或OpenBabel自动指认EEM、Gasteiger、MMFF94原子电荷，还可以载入Multiwfn计算RESP/ ...

好的。谢谢

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