计算化学公社

标题: 有人在Linux平台上算过DMOL3么 [打印本页]

作者
Author: ikea1984 时间: 2022-11-9 21:22
标题: 有人在Linux平台上算过DMOL3么
我用RunDMol3.sh -np 4交上去的并行作业，但是发现还是只有一个dmol3.exe，outmol也显示只有一个进程。。。但是偶尔又能成功并行。这种问题有人了解吗，实在是查不到

作者
Author: bluewhale 时间: 2022-11-9 22:34
本帖最后由 bluewhale 于 2022-11-9 22:47 编辑

这是一个MS 2018的脚本：
----
#!/bin/bash -f

#SBATCH --time=0-1000:00:00
#SBATCH --output="stdout.txt"
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=28
#SBATCH -p X28Cv4
#SBATCH --job-name="dmol3"

JOBNAME=TiO2-pyramid-bare

source /export/home/msi/bashrc-ms2018

srun hostname -s | sort -n > mpd.hosts

NP=$SLURM_NPROCS

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/export/home/msi/BIOVIA/MaterialsStudio18.1/lib

/export/home/msi/BIOVIA/MaterialsStudio18.1/bin/mpiexec.hydra -f mpd.hosts -machinefile mpd.hosts -np $NP \
/export/home/msi/BIOVIA/MaterialsStudio18.1/bin/dmol3.exe $JOBNAME

rm -f *.pid

---------------------------------------

bashrc-ms2018文件内容：
-------

eval `/export/home/msi/BIOVIA/MaterialsStudio18.1/share/license/data/lic_setup.sh -s sh`

export TMPDIR=/tmp
export BIOVIA_LIC_PACK_DIR=/export/home/msi/BIOVIA/LicensePack
export LM_LICENSE_FILE=$BIOVIA_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic

export MS_INSTALL_ROOT=/export/home/msi/BIOVIA/MaterialsStudio18.1
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/bin

export BIOSYM_LIBRARY=$MS_INSTALL_ROOT/share/Discover/res
export BIOSYM=$MS_INSTALL_ROOT/share/Discover

export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
export DMOL_TMP=/tmp

# export BIOVIA_LICENSE_PLATFORM=linux
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/export/home/msi/BIOVIA/LicensePack/linux/lib
export PATH=$BIOVIA_LIC_PACK_DIR/linux/bin:$PATH

作者
Author: ikea1984 时间: 2022-11-9 23:31

bluewhale 发表于 2022-11-9 22:34
这是一个MS 2018的脚本：
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#!/bin/bash -f

谢谢老板，确实work了。。。看来是RunDMol3.sh那个脚本还是不太靠谱

作者
Author: 独舞的印迹 时间: 2022-11-10 08:36

ikea1984 发表于 2022-11-9 23:31
谢谢老板，确实work了。。。看来是RunDMol3.sh那个脚本还是不太靠谱

至少19版本MS的RunDMol3.sh我亲测是没任何问题的。可以检查下是不是环境变量没有添加正确。

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