计算化学公社

标题: autodock可以指定蛋白质序列里的某一部分作为结合位点吗 [打印本页]

作者
Author: bdx 时间: 2022-11-10 09:50
标题: autodock可以指定蛋白质序列里的某一部分作为结合位点吗
如果不行的话，有哪些主流对接软件可以做到这个功能？
我现在有很多蛋白质，知道结构和结合位点的序列，因为数量很多所以一个一个去画盒子把结合位点包住感觉不太现实

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-10 14:53
既然靶点序列已知，自己写个程序读取pdb，寻找那些残基的xyz最大最小值，按照恰当规则自动定义个盒子写入输入文件就完了

作者
Author: bdx 时间: 2022-11-10 20:48

sobereva 发表于 2022-11-10 14:53
既然靶点序列已知，自己写个程序读取pdb，寻找那些残基的xyz最大最小值，按照恰当规则自动定义个盒子写入输 ...

明白了，谢谢老师

追问一下，除了Autodock之外，还有哪些对接软件可以纯命令行操作的？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-11 09:06

bdx 发表于 2022-11-10 20:48
明白了，谢谢老师
追问一下，除了Autodock之外，还有哪些对接软件可以纯命令行操作的？

一堆，比如ledock

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