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标题: 在模拟超临界CO2这方面gmx不适用吗 [打印本页]

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Author: 高处裹棉被 时间: 2022-11-10 18:27
标题: 在模拟超临界CO2这方面gmx不适用吗
本帖最后由高处裹棉被于 2022-11-10 18:46 编辑

各位老师好，我最近一直在用gromacs进行CO2在临界点以上的密度模拟，

用sob老师给的EPM2模型，和mdp文件，设置一个初始密度-压力得到结果，

进行了多次尝试甚至找了淘宝代算，但与实验值偏差一直很大，

而文献采用lammps进行模拟得到了接近的结果，想请问会是因为gromacs软件本身对刚体模型的算法就不太行的原因吗？但我也明明有看到做超临界CO2混合体系采用gromacs软件的

谢谢各位老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-10 20:09
GROMACS完全适用，亲自算过，不要怀疑程序

作者
Author: tjuptz 时间: 2022-11-10 22:41
可能用的力场不一样

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-11-11 11:30

tjuptz 发表于 2022-11-10 22:41
可能用的力场不一样

谢谢老师回答，

用的力场是一样的，我参照的原文献DOI：https://doi.org/10.1016/j.fluid.2014.02.001是用了lammps对7种不同CO2模型进行密度模拟比较的

作者
Author: 名字长的厉害 时间: 2023-12-25 13:40
同学请问你的问题解决了吗，我在用sob老师的itp文件用gromacs测试超临界二氧化碳的密度时也发现算不准，是哪里出问题了呢

作者
Author: ilovelr 时间: 2024-1-1 00:41

名字长的厉害发表于 2023-12-25 13:40
同学请问你的问题解决了吗，我在用sob老师的itp文件用gromacs测试超临界二氧化碳的密度时也发现算不准，是 ...

与实际相比本来就不准，如果是与文献相比的话，这篇文献是用LAMMPS做的，EPM2采用的是刚体模型（fix rigid/small），而gromacs里是由键角约束的

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-1-1 19:05

ilovelr 发表于 2024-1-1 00:41
与实际相比本来就不准，如果是与文献相比的话，这篇文献是用LAMMPS做的，EPM2采用的是刚体模型（fix rigi ...

约束算法不至于影响这么大，以我使用这两个软件的经验，差异主要在于库伦和LJ计算的截断半径导致的，可以试试增大到15埃。

作者
Author: ilovelr 时间: 2024-1-1 21:43

slxc920113 发表于 2024-1-1 19:05
约束算法不至于影响这么大，以我使用这两个软件的经验，差异主要在于库伦和LJ计算的截断半径导致的，可以 ...

一样的截断半径，对于超临界CO2，在lammps里用ridig/small与gromacs里用lincs算的，差距还是蛮大的，我用lammps算的和文献基本一致。一个比较明显的现象就是压浴的时候gromacs tau-p设置的小了就非常容易炸，而lammps很稳定。不知道在gromas里还有什么参数需要注意

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2024-1-2 00:09

ilovelr 发表于 2024-1-1 21:43
一样的截断半径，对于超临界CO2，在lammps里用ridig/small与gromacs里用lincs算的，差距还是蛮大的，我用 ...

看这个TRAPPE_small力场包
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=35442

作者
Author: ilovelr 时间: 2024-1-2 14:48

高处裹棉被发表于 2024-1-2 00:09
看这个TRAPPE_small力场包
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=36352&fromuid=35442
...

用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-1-9 04:38

ilovelr 发表于 2024-1-2 14:48
用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓扑文件那样。gmx中提供的约束算法是不可能处理3原子共线的刚体的

作者
Author: lmch 时间: 2024-1-10 20:30

喵星大佬发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

请问，使用虚拟位点约束的话，是只需要在分子中心两侧各设置一个等距的位点约束三键就行吗？

我记得trappe，epm2这几个co2的力场参数几乎一致，光看数据形式，带小数的epm2貌似更合理一些，

作者
Author: liululu 时间: 2024-3-27 19:35

lmch 发表于 2024-1-10 20:30
请问，使用虚拟位点约束的话，是只需要在分子中心两侧各设置一个等距的位点约束三键就行吗？

我记得tr ...

你好，我想问一下,CO2的EMP2三点模型意思就是使用的EMP2力场？不太懂，希望得到您的解答

作者
Author: liululu 时间: 2024-3-27 20:36

喵星大佬发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

您好，可以分享一下EMP2势CO2的top文件吗？在top文件中[defaults]选项内容不知道该如何写？

作者
Author: lmch 时间: 2024-3-28 01:17

liululu 发表于 2024-3-27 20:36
您好，可以分享一下EMP2势CO2的top文件吗？在top文件中[defaults]选项内容不知道该如何写？

参考11楼大佬的帖子

作者
Author: 学习者123 时间: 2024-12-10 18:14

ilovelr 发表于 2024-1-2 14:48
用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

你好，请问你用gromacs模拟超临界CO2用TraPPE-small和EPM2力场最终和文献数据近似吗？我算的差了很多，不知道是哪一步参数出现了问题

作者
Author: 杨星元 时间: 2025-1-22 21:07

ilovelr 发表于 2024-1-2 14:48
用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

您好，我在lammps里面使用：
molecule co2mol CO2.txt
group CO2 type 1 2
fix myrigid CO2 rigid/small molecule mol co2mol
fix_modify myrigid dynamic/dof yes
进行计算，会出现fix rigid:Bad principle moment报错，或者计算卡住进行不下去，请问这个您知道是为什么吗

作者
Author: ilovelr 时间: 2025-2-10 15:37

杨星元发表于 2025-1-22 21:07
您好，我在lammps里面使用：
molecule co2mol CO2.txt
group CO2 type 1 2

我的经验：1.不要minimization;2.产生初始结构时的原子间距大一些;3.刚开始用比较小的timestep（0.1~0.5）先跑一下

作者
Author: ilovelr 时间: 2025-2-10 15:38

学习者123 发表于 2024-12-10 18:14
你好，请问你用gromacs模拟超临界CO2用TraPPE-small和EPM2力场最终和文献数据近似吗？我算的差了很多，不 ...

TraPPE-small基本一致，EPM2不太行

作者
Author: 杨星元 时间: 2025-3-5 21:07

ilovelr 发表于 2024-1-1 21:43
一样的截断半径，对于超临界CO2，在lammps里用ridig/small与gromacs里用lincs算的，差距还是蛮大的，我用 ...

您好，请问lammps中使用fix rigid/small有什么要求吗？我一用这个命令，计算机就不算了，也不报错

作者
Author: 杨星元 时间: 2025-3-5 21:08

ilovelr 发表于 2024-1-1 00:41
与实际相比本来就不准，如果是与文献相比的话，这篇文献是用LAMMPS做的，EPM2采用的是刚体模型（fix rigi ...

请问lammps中fix rigid/small使用有什么限制吗，为啥我在lammps中对二氧化碳用这条命令，计算机就不算了，但是不报错，就一直卡在计算界面

作者
Author: ilovelr 时间: 2025-3-6 08:55

杨星元发表于 2025-3-5 21:08
请问lammps中fix rigid/small使用有什么限制吗，为啥我在lammps中对二氧化碳用这条命令，计算机就不算了 ...

有可能是初始结构不合理，按照lammps手册GCMC例子里的CO2写命令，去掉MC的命令，跑MD是没问题的

作者
Author: thor 时间: 2025-4-29 09:49

喵星大佬发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

所以这个模拟的密度差异是之前sob提供的EPM2使用键角约束造成的吗。使用你提供的TraPPE参数没问题

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-4-29 14:26

thor 发表于 2025-4-29 09:49
所以这个模拟的密度差异是之前sob提供的EPM2使用键角约束造成的吗。使用你提供的TraPPE参数没问题

这两套参数也没啥关系，EPM2我也没用过，我只是对着文章把参数做了而已

作者
Author: thor 时间: 2025-4-30 11:27

喵星大佬发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

epm2模型的CO2还是比较奇怪，以sob提供的这个itp为例，也不刚体吧？计算的CO2密度还是差距很大

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-4-30 11:46

thor 发表于 2025-4-30 11:27
epm2模型的CO2还是比较奇怪，以sob提供的这个itp为例，也不刚体吧？计算的CO2密度还是差距很大

那你照着类似的方法把EPM2改成刚体试一下呗

作者
Author: raku 时间: 2025-5-7 19:52
试过9楼大佬的Trappe FF 没有任何问题

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