计算化学公社

标题: 求助VMD画二维材料的径向分布函数（RDF）图出错 [打印本页]

作者
Author: chen0201 时间: 2022-11-11 20:25
标题: 求助VMD画二维材料的径向分布函数（RDF）图出错
本帖最后由 chen0201 于 2022-11-12 18:49 编辑

用vasp跑了一个二维材料的AIMD过程，但是导出数据用VMD画图时一直报错，请问这种怎么解决呢？另外，文献是可以跑出来并且画出来的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-11 22:03
pdb文件里没有原子类型信息，没法通过type选择原子。要么用name，要么用element选择

径向分布函数叫rdf，不叫RMD

作者
Author: chen0201 时间: 2022-11-16 11:45

sobereva 发表于 2022-11-11 22:03
pdb文件里没有原子类型信息，没法通过type选择原子。要么用name，要么用element选择

径向分布函数叫rdf ...

谢谢老师，已经改正了，但是用name 和element还是不行，请问这个怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 01:55

chen0201 发表于 2022-11-16 11:45
谢谢老师，已经改正了，但是用name 和element还是不行，请问这个怎么解决呢？

Graphics - Representation - Selections里keyword一栏中选name，看右边的列表里有什么，那里面有的才是当前可以用的name。先确保选择语句对于当前体系正确

作者
Author: chen0201 时间: 2022-11-21 16:09

sobereva 发表于 2022-11-17 01:55
Graphics - Representation - Selections里keyword一栏中选name，看右边的列表里有什么，那里面有的才是 ...

是正确的，但是我体系有多个相同的原子，请问这个怎么实现两个原子之间的径向分布函数吗？

作者
Author: lyj714 时间: 2022-11-21 16:33

chen0201 发表于 2022-11-21 16:09
是正确的，但是我体系有多个相同的原子，请问这个怎么实现两个原子之间的径向分布函数吗？

你自己看那个终端的黑框报错，说明vmd计算rdf的工具只适用于正交盒子体系，而你的体系并不是。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-22 00:37
非正交盒子的情况，可以用VMD转出来trr和gro文件，用GROMACS的gmx rdf工具计算rdf

作者
Author: chen0201 时间: 2022-11-26 16:16
本帖最后由 chen0201 于 2022-11-26 16:39 编辑

lyj714 发表于 2022-11-21 16:33
你自己看那个终端的黑框报错，说明vmd计算rdf的工具只适用于正交盒子体系，而你的体系并不是。

这样啊，明白了，我的确实不是正交盒子体系，谢谢老师

作者
Author: chen0201 时间: 2022-11-29 21:07

sobereva 发表于 2022-11-22 00:37
非正交盒子的情况，可以用VMD转出来trr和gro文件，用GROMACS的gmx rdf工具计算rdf

好的，谢谢老师，我去试试

作者
Author: hdmd 时间: 2022-11-29 21:19
把USE PBC去掉

作者
Author: chen0201 时间: 2022-12-3 12:21

hdmd 发表于 2022-11-29 21:19
把USE PBC去掉

可以啦！！！！谢谢老师！太感谢啦！

作者
Author: chen0201 时间: 2022-12-17 11:53

hdmd 发表于 2022-11-29 21:19
把USE PBC去掉

老师，我还想问下，我取消了PBC确实可以画径向分布图，但是结果不收敛到1，请问这个怎么解决啊？

作者
Author: hdmd 时间: 2023-1-29 09:52

chen0201 发表于 2022-12-17 11:53
老师，我还想问下，我取消了PBC确实可以画径向分布图，但是结果不收敛到1，请问这个怎么解决啊？

取消PBC RDF肯定不到1了，只能用来对比第一个峰

作者
Author: chen0201 时间: 2023-2-2 15:12

hdmd 发表于 2023-1-29 09:52
取消PBC RDF肯定不到1了，只能用来对比第一个峰

那请问这样的结果是可以用的吗？没有收敛到一的结果。

作者
Author: hdmd 时间: 2023-2-2 16:36

chen0201 发表于 2023-2-2 15:12
那请问这样的结果是可以用的吗？没有收敛到一的结果。

如果是只分析第一峰，理论上是可以用的

作者
Author: chen0201 时间: 2023-2-10 10:53

hdmd 发表于 2023-2-2 16:36
如果是只分析第一峰，理论上是可以用的

好的，谢谢您

作者
Author: 飞飞fly 时间: 2024-5-10 12:33

hdmd 发表于 2022-11-29 21:19
把USE PBC去掉

您好，这样算出来的配位数是可以用的吗

作者
Author: hdmd 时间: 2024-5-19 17:17

飞飞fly 发表于 2024-5-10 12:33
您好，这样算出来的配位数是可以用的吗

如果体系足够大（盒子边缘原子数占比足够小），几乎没有影响

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