计算化学公社

标题: 使用plumed对metadynamics结果使用block averaging做误差分析的疑问 [打印本页]

作者
Author: 函数与激情 时间: 2022-11-12 23:33
标题: 使用plumed对metadynamics结果使用block averaging做误差分析的疑问
我使用CP2K接口Plumed完成一项AIMD metadynamics模拟（height: 0.15 kcal/mol, width: 0.08 angstrom），想利用plumed的block averaging方法做出自由能error bar，根据plumed官方网站做出来的误差实在有点太小了（0.2 kcal/mol 以内），想请教下有相关经验的老师这是为什么呢？Fig 1. 是CV随着时间演化的趋势，我感兴趣的CV区间是-5.0 ~ -3.5 之内，可以看到CV在空间内弥散趋势较好，有收敛的趋势
Fig 2. 是做的随着时间变化，CV空间内自由能最大值减去最小值的差，可以看出来能差的波动是~3.2 kcal/mol 到 ~5.0 kcal/mol 之间波动，定性上估计应该也是收敛了
Fig 3. 是利用该plumed网站Exercise 4: Estimating the error in free energies using block-analysis（https://www.plumed.org/doc-v2.7/ ... sterclass-21-4.html）计算得到的误差值（第三列），使用的block值是2000，这误差也太小了，如果作图的话根本看不出来啊，结合图二中自由能约有2 kcal/mol的波动，这个数值好像不大对 ? 请教一下各位，谢谢啦

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-11-13 17:23
这种方法算误差属于骗自己，还不如不放。。。

作者
Author: 函数与激情 时间: 2022-11-13 17:29

fhh2626 发表于 2022-11-13 17:23
这种方法算误差属于骗自己，还不如不放。。。

请教付老师这种情况下一般怎么分析误差较好

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-11-13 19:41
请问这个计算方法有详细步骤吗？想学习一下

作者
Author: 函数与激情 时间: 2022-11-13 21:04

wolfli369 发表于 2022-11-13 19:41
请问这个计算方法有详细步骤吗？想学习一下

plumed的官方tutorial说的很详细哦，https://www.plumed.org/doc-v2.7/ ... sterclass-21-4.html，网站上还有很多类似的教程

作者
Author: fhh2626 时间: 2022-11-14 09:41

函数与激情发表于 2022-11-13 17:29
请教付老师这种情况下一般怎么分析误差较好

MtD我感觉只有做重复模拟是最严谨的

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-11-14 10:58

函数与激情发表于 2022-11-13 21:04
plumed的官方tutorial说的很详细哦，https://www.plumed.org/doc-v2.7/user-doc/html/masterclass-21-4.h ...

收到，谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)