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标题: mopac半经验优化石墨周围氢原子巨慢 [打印本页]

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Author: Rosefinch 时间: 2022-11-13 01:29
标题: mopac半经验优化石墨周围氢原子巨慢
本人想优化一下石墨周围的氢原子来将其作为基底进行下一步计算，出现了如下两种情况：
一、本人更改了双层石墨晶胞的向量（1 1 0 / -1 1 0 / 0 0 1）使其变成矩形晶胞，然后取消晶胞后在边缘碳原子上添加了氢原子，固定所有的C原子利用PM7优化了H，共计1054个原子，28核只用了23min就优化好了
二、没有更改石墨晶胞向量，以其菱形晶胞进行相同的优化，共计1002个原子，同样是固定C优化H，30核跑了4个多小时都跑不完一个循环，请问这是什么原因呀？
图1、图2为我所优化的两种石墨
图3、图4为这两种的参数设置（完全一样）
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作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-13 02:02
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-11-12 19:03 编辑

石墨烯按某些方式截断时得到的是闭壳层片段，可以画出单双键交替的共振式；按另一些方式截断时得到开壳层片段，不管怎么画共振式都会画出很多自由基。后者SCF收敛会困难得多，而且电子结构比较离域，不利于利用MOZYME等加速算法，导致每步SCF迭代的时间也可能变慢。
如无特殊原因，应该尽量截断成闭壳层片段，因为完整的石墨烯是闭壳层的，或者更严格地说即使有自由基也全在边缘上，对于不涉及石墨烯边缘的研究而言可以看作是闭壳层的

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-11-13 11:45

wzkchem5 发表于 2022-11-13 02:02
石墨烯按某些方式截断时得到的是闭壳层片段，可以画出单双键交替的共振式；按另一些方式截断时得到开壳层片 ...

感谢感谢，受教了

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-11-13 12:51

wzkchem5 发表于 2022-11-13 02:02
石墨烯按某些方式截断时得到的是闭壳层片段，可以画出单双键交替的共振式；按另一些方式截断时得到开壳层片 ...

您好，我按照您说的检查了一下我的石墨片段，但是发现对于第一种可以很快优化好的石墨结构，利用MS重新生成键会出现几个带着自由基的碳原子；而对于第二个无法优化的却是完整的闭壳层结构，请问这是怎么回事呀？我附上了我的两种石墨结构文件。 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-13 15:25

Rosefinch 发表于 2022-11-13 05:51
您好，我按照您说的检查了一下我的石墨片段，但是发现对于第一种可以很快优化好的石墨结构，利用MS重新生 ...

第二个结构的C-H键太长，被MS判断成是不成键的，所以对于石墨烯共振式的分析结果也就不可信了。
这种问题建议还是手画，确保只有单键和双键，没有1.5键。乍看起来工作量巨大，但是其实找到规律以后很快就能判断出来能不能画出没有自由基的共振式，毕竟石墨烯的结构是极其有规律的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-13 21:01
只要氢的位置加得不离谱，石墨烯片段尺寸足够大的情况，边缘的氢是否优化都无所谓，不会对中心区域产生显著影响

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Author: Rosefinch 时间: 2022-11-14 11:54

sobereva 发表于 2022-11-13 21:01
只要氢的位置加得不离谱，石墨烯片段尺寸足够大的情况，边缘的氢是否优化都无所谓，不会对中心区域产生显著 ...

好的好的，谢谢sob老师

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-11-14 11:56

wzkchem5 发表于 2022-11-13 15:25
第二个结构的C-H键太长，被MS判断成是不成键的，所以对于石墨烯共振式的分析结果也就不可信了。
这种问 ...

嗯嗯明白了，谢谢

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