计算化学公社

标题: 基于singularity的可以移植的gromacs-cp2k联用版本 [打印本页]
作者
Author: Chris——szk    时间: 2022-11-16 00:46
标题: 基于singularity的可以移植的gromacs-cp2k联用版本
因为最近身边有同学一直向我询问服务器上因为缺少依赖（管理员不肯安装）而导致无法安装gromacs-cp2k，所以有一点小困扰，因此我对这方面比较好奇，之前也看过wuzhiyi老师的帖子和djjj148老师的帖子
1.gromacs与cp2k联用：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=21783&highlight=gromacs%2Bcp2k
注：因为现在从gromacs2022版本起就已经开始支持和cp2k的联用了，有些编译上的细节可以具体查看gromacs官网
2.基于singularity安装可以移植的CP2K：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25773&highlight=docker

因为自己个人感觉安装cp2k和安装gromacs与cp2k联用版本确实比较折腾，所以自己就仿照前辈们的做法编译了基于singularity的gromacs与cp2k的联用版本，各位可以直接从下面的这个github
gromacs_cp2k_singularity
上下载：https://github.com/CondaPereira/gromacs_cp2k_singularity/releases

下载下来的sif文件直接放到目录之后加权限之后在运行下面的命令就可以进行模拟了，因为自己的机子的CPU支持AVX2指令的，但是别的没做过测试还不太清楚（
  1. mpirun -np procnum /path/to/gromacs_cp2k-f-v2.sif gmx_cp2k mdrun -v -deffnm md
复制代码
如果是集群的话可以编写下面的文件进行提交：
  1. #!/bin/bash
  2. #SBATCH -J gromacs-cp2k-jobs
  3. #SBATCH --time=00:10:00
  4. #SBATCH --partition=CondaPereira-PC

  6. #SBATCH --nodes=1
  7. #SBATCH --tasks-per-node=16
  8. #SBATCH --cpus-per-task=4

  10. export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
  11. export OMP_PLACES=cores

  13. srun gmx mdrun -s name.tpr
复制代码
同时也希望各位老师提出宝贵的意见）

作者
Author: casea    时间: 2022-11-16 15:32
你好，请问zst分卷压缩之后怎么解压缩？
作者
Author: Chris——szk    时间: 2022-11-16 17:01
casea 发表于 2022-11-16 15:32
你好，请问zst分卷压缩之后怎么解压缩？

用7-zip就可以解压提取
作者
Author: Chris——szk    时间: 2022-11-23 00:55
最近优化了一下之前的docker镜像，用了比较轻量的alpine镜像，也再一次将之前的发布的release版本缩减了接近一半左右，性能经过在自己的笔记本上测试发现并没有性能损失，下面这个链接是用的新版的gromacs-2022.4版本和cp2k-2022.1的联用软件，提供有需要的人，使用方法和之前一样没什么区别，个人也对slurm的脚本进行了修改，dockerfile的文件提供到下面，应该是还存在着优化的空间吧，希望各位老师可以提供意见，谢谢！

  1. # GROMACS_CP2K_Singularity VERSION
  2. # MIT LICENSE
  3. # Copyright (c) 2022 CondaPereira <https://github.com/CondaPereira>
  4. FROM alpine:3.12

  6. # AUTHOR ZeKai Shen

  8. ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
  9. WORKDIR /opt/gromacs-cp2k
  10. COPY . /opt/gromacs-cp2k/

  12. RUN set -x; buildDeps='cmake g++ gfortran build-base perl coreutils bash libexecinfo-dev libexecinfo openblas-dev lapack-dev wget git zlib-dev gsl-dev vim python3 py3-pip openssh linux-headers' \
  13.         && sed -i 's/dl-cdn.alpinelinux.org/mirrors.aliyun.com/g' /etc/apk/repositories \
  14.         && apk update \
  15.         && apk upgrade \
  16.         && apk add --no-cache -U $buildDeps \
  17.         && ln -s /usr/bin/python3 /usr/bin/python \
  18.         && pip3 install -r requirements.txt -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple \
  19.         && chmod +x shfmt_v3.2.2_linux_amd64 \
  20.         && ln -s /opt/gromacs-cp2k/shfmt_v3.2.2_linux_amd64 /usr/bin/shfmt

  22. # WE'D BETTER RUN THIS SCRIPTS WITHOUT CACHES AS FOLLOWS
  23. # docker build --no-caches -t your_docker_name
复制代码


下载链接：https://pan.baidu.com/s/1f83zZsAmskoGZzDLscM4YQ?pwd=6666
提取码：6666

之后会上传到github
作者
Author: aw10279    时间: 2023-7-31 09:31
老师还想问一下，这个联用版本是否支持AVX512指令集，我有一台支持AVX512的机器想用您这个版本，是否可行？
作者
Author: neocc    时间: 2023-9-1 22:07
请问这个版本需要调用gmx2022.4的文件吗，还是一个全新的gmx包？
用singularity运行时，调用gmx和cp2k的文件需要使用目录映射 -B <绝对路径>，绑定和宿主inp文件，其他会用上的文件的路径吗？
作者
Author: Maeterlinck    时间: 2023-10-29 22:59
您好，使用您的sif文件在singularity中gmx_cp2k mdrun -s nma-em.tpr出现这个报错，想请教下是出了啥问题



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