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标题: 关于MS中设置联合原子分子力场的问题 [打印本页]

作者
Author: 13167129167 时间: 2022-11-16 10:59
标题: 关于MS中设置联合原子分子力场的问题
在MS中做吸附模拟的时候需要指定分子中每个原子的力场类型，但是用trappe力场模型的时候会把C-H联合考虑成一个原子，那么请问该怎么设置呢？C的力场参数设置成C-H后，H的原子类型选取成虚原子吗？求大佬指教

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-16 20:08
用联合原子力场描述的时候，不考虑的氢就彻底不存在，而不是用虚原子之类表示

作者
Author: 13167129167 时间: 2022-11-16 20:20

sobereva 发表于 2022-11-16 20:08
用联合原子力场描述的时候，不考虑的氢就彻底不存在，而不是用虚原子之类表示

可是用sorption计算的话，不给原子指定力场类型的话就无法计算了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 01:49

13167129167 发表于 2022-11-16 20:20
可是用sorption计算的话，不给原子指定力场类型的话就无法计算了

联合原子模型下，非极性氢原子都没了，还指定什么

作者
Author: 13167129167 时间: 2022-11-17 10:44

sobereva 发表于 2022-11-17 01:49
联合原子模型下，非极性氢原子都没了，还指定什么

所以疑惑的就是这一点，如甲苯中，联合原子模型是CH和CH3这样的力场类型，那么我给这两个C指定类型后，直接就删除掉H原子吗？因为H原子的质量是包含在C原子中的了，所以H可以不要了吗？

作者
Author: 13167129167 时间: 2022-11-17 10:49

sobereva 发表于 2022-11-17 01:49
联合原子模型下，非极性氢原子都没了，还指定什么

截图为网上找到lamps的建模中的一个例子，他就是说剩余的H原子删除掉，但是我总觉得删除掉之后岂不是空间位阻少了很多？ (, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 16:13

13167129167 发表于 2022-11-17 10:44
所以疑惑的就是这一点，如甲苯中，联合原子模型是CH和CH3这样的力场类型，那么我给这两个C指定类型后，直 ...

是

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 16:14

13167129167 发表于 2022-11-17 10:49
截图为网上找到lamps的建模中的一个例子，他就是说剩余的H原子删除掉，但是我总觉得删除掉之后岂不是空间 ...

氢的半径本来就非常小，位阻靠恰当设置联合原子类型的C的LJ参数就能等效体现。即便是全原子力场，很多力场也刻意不给H设置LJ参数

作者
Author: 13167129167 时间: 2022-11-17 17:39

sobereva 发表于 2022-11-17 16:14
氢的半径本来就非常小，位阻靠恰当设置联合原子类型的C的LJ参数就能等效体现。即便是全原子力场，很多力 ...

好的，十分感谢

作者
Author: bblovelp 时间: 2023-10-7 13:07

13167129167 发表于 2022-11-17 10:49
截图为网上找到lamps的建模中的一个例子，他就是说剩余的H原子删除掉，但是我总觉得删除掉之后岂不是空间 ...

您好，请问下您这个lammps建模的教程可以发下我吗，联合力场的这个谢谢了

作者
Author: MercuryLamp 时间: 2023-10-7 13:47

bblovelp 发表于 2023-10-7 13:07
您好，请问下您这个lammps建模的教程可以发下我吗，联合力场的这个谢谢了

https://blog.csdn.net/weixin_51982763/article/details/125662536

作者
Author: bblovelp 时间: 2023-10-7 14:33

MercuryLamp 发表于 2023-10-7 13:47
https://blog.csdn.net/weixin_51982763/article/details/125662536

收到，谢谢了

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