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标题: 求助：蛋白为金属依赖蛋白，做小分子与蛋白动力学模拟的时候可以去掉金属离子吗？ [打印本页]

作者
Author: yy_ds_yyds 时间: 2022-11-16 11:32
标题: 求助：蛋白为金属依赖蛋白，做小分子与蛋白动力学模拟的时候可以去掉金属离子吗？
我的蛋白是依赖金属离子存在发挥功能的蛋白，做了虚拟筛选筛选到几种潜在抑制剂。通过分析发现这几种抑制剂不和金属离子存在作用，这时候在进行分子动力学进行配体与蛋白进行模拟的时候可以去点金属离子吗？如果可以投稿的时候会存在问题么，应该怎么解释？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-16 19:59
“去点金属离子”指什么？如果是去掉，没有说得通的理由就不能去掉。金属离子在不在可能明显影响蛋白质构象，进而间接影响你研究的问题。除非你能论证那些金属离子和你研究的问题确实一点影响也没有

作者
Author: yy_ds_yyds 时间: 2022-11-17 10:33

sobereva 发表于 2022-11-16 19:59
“去点金属离子”指什么？如果是去掉，没有说得通的理由就不能去掉。金属离子在不在可能明显影响蛋白质构象 ...

谢谢老师回复。是“去掉”打错了。还有一个问题想请教老师。
如果不去掉的话，使用gromacs的charmm36力场对蛋白进行拓扑文件生成的时候会报错。我看到论坛中帖子说使用Ambertools的MCPB.py对蛋白进行处理，会默认使用ff14SB力场。这是否意味这如果要进行含有金属的蛋白模拟只能使用Amber力场，如果想使用charmm力场使用MCPB.py脚本可以么？如果不行的话有其他的方法么？
期待老师的回复。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 17:10

yy_ds_yyds 发表于 2022-11-17 10:33
谢谢老师回复。是“去掉”打错了。还有一个问题想请教老师。
如果不去掉的话，使用gromacs的charmm36力 ...

显然看你怎么搞金属蛋白的跟配位键有关的参数，MCPB.py又不是唯一选择

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