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标题: 求助两个离子的反应的irc和过渡态都走通了，但是在模拟ads的时候两个离子越来越远 [打印本页]

作者
Author: han- 时间: 2022-11-16 15:59
标题: 求助两个离子的反应的irc和过渡态都走通了，但是在模拟ads的时候两个离子越来越远
本帖最后由 han- 于 2022-11-23 10:05 编辑

各位老师，我在对两个离子的反应进行模拟的时候，irc 和过渡态都走通了，但是在模拟ads的时候两个离子越来越远一直不收敛报错该怎么设置呢？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-16 16:21
你的体系是气相？溶液？气相中两个阴离子会相互排斥。

作者
Author: han- 时间: 2022-11-16 17:36

chands 发表于 2022-11-16 16:21
你的体系是气相？溶液？气相中两个阴离子会相互排斥。

老师是固体反应处于熔融态

作者
Author: chands 时间: 2022-11-16 18:27
本帖最后由 chands 于 2022-11-16 18:31 编辑

han- 发表于 2022-11-16 17:36
老师是固体反应处于熔融态

啊，这个要复杂点。实际体系中，由于抗衡离子和背景电荷的作用，两个阴离子之间的排斥没这么大。所以体系中要要加抗衡离子，还要体现背景电荷（比如用隐式溶剂模型）。

作者
Author: han- 时间: 2022-11-16 21:02

chands 发表于 2022-11-16 18:27
啊，这个要复杂点。实际体系中，由于抗衡离子和背景电荷的作用，两个阴离子之间的排斥没这么大。所以体系 ...

老师我在周围添加了一些钾离子选择了SMD 这样对吗？
还有就是老师我加了抗衡离子之后我需要把电荷由之前的-3 改为0 吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-17 11:17

han- 发表于 2022-11-16 21:02
老师我在周围添加了一些钾离子选择了SMD 这样对吗？
还有就是老师我加了抗衡离子之后我需要把电荷 ...

加了抗衡离子之后，电荷数要按实际情况决定，比如原来体系电荷是-3，加了三个K+，当然电荷数现在是0。
用隐式溶剂模型要根据体系指定介电常数等参数，见
http://sobereva.com/431

作者
Author: han- 时间: 2022-11-22 22:19

chands 发表于 2022-11-17 11:17
加了抗衡离子之后，电荷数要按实际情况决定，比如原来体系电荷是-3，加了三个K+，当然电荷数现在是0。
...

老师麻烦您看一下我这个输入问题出在哪里了？我看相关背景电荷和抗衡离子的帖子都是关于晶体或团簇的；
还有一个问题老师，背景电荷要保证和我的体系电性相同吗？（比如这是两个阴离子反应，所以背景电荷需要是-2吗？）

作者
Author: chands 时间: 2022-11-22 22:38

han- 发表于 2022-11-22 22:19
老师麻烦您看一下我这个输入问题出在哪里了？我看相关背景电荷和抗衡离子的帖子都是关于晶体或团簇的；
...

你把输出文件传上来看看。

作者
Author: han- 时间: 2022-11-23 10:07

chands 发表于 2022-11-22 22:38
你把输出文件传上来看看。

老师输出已上传但是报错了
老师，这个阴离子模拟一定要从团簇里抠吗？
可以只加背景电荷不加抗衡离子吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-23 10:19

han- 发表于 2022-11-23 10:07
老师输出已上传但是报错了
老师，这个阴离子模拟一定要从团簇里抠吗？
可以只加背景电荷不加抗衡离子 ...

我昨天跑了你的输出文件，也是convergence failure，可能跟抗衡离子和背景电荷设置不对有关。

离子液体的反应是比较复杂。最严格的方法是跑MD然后观测反应历程，用背景电荷是简化。但是背景电荷的设置估计也得跑个MD来决定，“从团簇里抠”的意思是只考虑相邻的区域，这样体系不用太大，计算耗时太长。

抗衡离子的意义是显式表示阴离子和周围阳离子的作用。这个作用用背景电荷描述太粗糙，结果搞不好连定性都不准。

作者
Author: han- 时间: 2022-11-24 11:24

chands 发表于 2022-11-23 10:19
我昨天跑了你的输出文件，也是convergence failure，可能跟抗衡离子和背景电荷设置不对有关。

离子液 ...

老师如果直接用过渡态的能量减去单独优化好的两个离子的能量，是不是不行？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-24 12:06

han- 发表于 2022-11-24 11:24
老师如果直接用过渡态的能量减去单独优化好的两个离子的能量，是不是不行？

不行。因为这个体系里没有单独的离子，每个离子与介质（离子液体）的作用太强，不能不考虑。

作者
Author: han- 时间: 2022-11-24 14:55

chands 发表于 2022-11-24 12:06
不行。因为这个体系里没有单独的离子，每个离子与介质（离子液体）的作用太强，不能不考虑。

老师这样的话我之前算出来的过渡态和irc的能量是不是也是不对的？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-24 15:05

han- 发表于 2022-11-24 14:55
老师这样的话我之前算出来的过渡态和irc的能量是不是也是不对的？

肯定有偏差，搞不好定性也不对。

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