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标题: MS5.5中Discover和Forcite做动力学有啥区别？ [打印本页]

作者
Author: librakitty 时间: 2016-5-26 17:18
标题: MS5.5中Discover和Forcite做动力学有啥区别？
本帖最后由 librakitty 于 2016-5-26 17:43 编辑

想请教一下老师们，在MS5.5中用Discover和Forcite做动力学有啥区别？我对比了一下，只是知道Forcite做动力学要更快一点，但是目前动力学模拟一般默认哪个模块的结果?另外就是我现在要计算某种化合物的冰点，根据文献要先进行分子动力学模拟，再计算出内聚能，根据内聚能变化确定，那在进行动力学模拟的时候，初始温度设定对最终结果是否有影响？可以默认设置为室温吗？谢谢老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-26 17:28
discover和forcite功能上有很大重叠，Forcite速度更快功能更强，因此从MS8.0开始已经把discover给去掉了。即便是5.5版，你也只考虑forcite就行了。
按照内聚能方式确定冰点的方式我不清楚，你可以把文献贴出来。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-5-26 17:45

sobereva 发表于 2016-5-26 17:28
discover和forcite功能上有很大重叠，Forcite速度更快功能更强，因此从MS8.0开始已经把discover给去掉了。 ...

谢谢老师，我找的是一篇硕士论文，只能用知网阅读器看，没办法就只能全文上传了，具体的是在第四章，请老师指导。麻烦您了。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-26 18:18
你得在不同温度下计算扩散系数和内聚能密度，如文中表4-8。所以你得用热浴控到不同温度，但是初始温度无所谓，无论初始温度多少，跑平衡了之后都一样，算内聚能密度和扩散系数用的都是平衡后的轨迹。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-5-26 18:20

sobereva 发表于 2016-5-26 18:18
你得在不同温度下计算扩散系数和内聚能密度，如文中表4-8。所以你得用热浴控到不同温度，但是初始温度无所 ...

嗯嗯，明白了，多谢老师指导。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-5-26 22:32

sobereva 发表于 2016-5-26 18:18
你得在不同温度下计算扩散系数和内聚能密度，如文中表4-8。所以你得用热浴控到不同温度，但是初始温度无所 ...

老师，我觉得可能有点问题，如果是算冰点、熔点，涉及到了相转变，如果是某一温度下处于液态达到平衡，可能只能代表该温度段下体系的平衡状态，而其他温度段下，如果本身为气态，则就不一样。所以我感觉是从初始跑平衡和最终收集数据都得设置不同的初始温度。老师，您觉得呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-27 00:02

librakitty 发表于 2016-5-26 22:32
老师，我觉得可能有点问题，如果是算冰点、熔点，涉及到了相转变，如果是某一温度下处于液态达到平衡，可 ...

这里只牵扯固态和液态
初始温度随意，比如你要考察300K的情况，假设此温度下是固态，初始温度你设400K，假设此温度下是液态，模拟开始后热浴会自发把温度降到300K，体系就会从液态逐渐冻住，你用之后的轨迹算扩散系数算出来会非常小，于是结论就是固态。如果你初始温度设0K，热浴把温度拉到300K，从头到尾结构也是几乎冻住，按照扩散系数也算出来是固态。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-5-27 00:53

sobereva 发表于 2016-5-27 00:02
这里只牵扯固态和液态
初始温度随意，比如你要考察300K的情况，假设此温度下是固态，初始温度你设400K ...

哦，我是想表达熔点呀，冰点呀都涉及到了相转变，举了气态的例子。我表达的意思是，预平衡时候NPT和收集数据时跑的NPT，可能是说法理解的不同，我理解的您的意思是只要保证收集数据时候的温度是目标温度即可，跑平衡阶段温度可以随便设置？怎么感觉怪怪的。内聚能密度是在数据收集阶段的动力学轨迹的基础上得到的，其对应温度与收集数据阶段的温度相关。老师，我比较笨，谢谢您的耐心解答。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-5-27 00:59

sobereva 发表于 2016-5-27 00:02
这里只牵扯固态和液态
初始温度随意，比如你要考察300K的情况，假设此温度下是固态，初始温度你设400K ...

跑平衡应该是某一相态下的稳定状态，NPT设定温度压力之后是达到的某一温度、压力下的稳定结构，不同相态的稳定结构不同。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-27 01:55

librakitty 发表于 2016-5-27 00:59
跑平衡应该是某一相态下的稳定状态，NPT设定温度压力之后是达到的某一温度、压力下的稳定结构，不同相态 ...

过程是：
初始条件->预平衡MD->产生相MD

预平衡阶段控温就控在你的目标温度，所以初始条件温度设多少都无所谓，经过预平衡，最终的温度就是你要研究的温度。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-5-27 07:52

sobereva 发表于 2016-5-27 01:55
过程是：
初始条件->预平衡MD->产生相MD

哦哦，这下彻底懂了，谢谢老师。

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