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标题: 三片段限制性柔性扫描关键词设定 [打印本页]

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Author: 终_焉 时间: 2022-11-16 16:31
标题: 三片段限制性柔性扫描关键词设定
本帖最后由终_焉于 2022-11-16 20:21 编辑

如下图所示（结构仅为示意），希望通过ORCA计算出Fragment 3逐渐靠近Fragment 1过程中，Fragment 2的几何构型变化以及该过程的能垒。
ORCA Manual中没有找到多片段扫描的例子，因此参考http://sobereva.com/474，利用dimerscan构建了Fragment 3-Fragment 1不同距离的输入文件。随后进行了以下尝试：
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1. 选择固定Fragment 2（已核实原子序号从0开始）结合invertConstraints true对构建的系列输入文件进行优化。结果发现几何优化过程仅包含2步，且优化过程中几何构型没有变化（输入文件关键词如下）；
！PBE D3 def2-SVP def2/J RIJCOX OPT NoUseSym TightSCF NoAutoStart MiniPrint NoPop
%geom
  Constraints
{ C 110:130 C}
end
  invertConstraints true
  end

2. 通过固定Fragment 3和Fragment 1距离最近的4组键长，结合NoUseSym进行优化。
结果几何优化长时间不收敛（PBE超100步），而且结构产生了跳变，与预期不一致（输入文件关键词如下）；
！PBE D3 def2-SVP def2/J RIJCOX OPT NoUseSym TightSCF NoAutoStart MiniPrint NoPop
%geom
  Constraints
{ B 200 0 7.4 C}
{ B 200 1 7.2 C}
{ B 220 2 7.6 C}
{ B 220 50 7.7 C}
end

3. 另外构建输入文件，在Fragment 3和Fragment 1的质心处添加虚原子，扫描虚原子的键长变化。
结果虚原子间距在减小，但是Fragment 3和Fragment 1的相对位置散开了；

以上的尝试都没有取得理想的效果。想请教大家，以上方法能通过调整关键词设定实现Fragment 3和Fragment 1的距离-能量扫描吗？或者还有其他方法吗？

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