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标题: 对存在原子间互斥的体系做弱相互作用分析时遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: masgils 时间: 2022-11-16 17:21
标题: 对存在原子间互斥的体系做弱相互作用分析时遇到的问题
各位老师好！

我用2个甲烷分子的体系，调整它们之间一对儿氢原子之间的距离至1.3埃，想通过波函数分析方法查看它们在近距离接触下的相互作用。
波函数的计算用的关键词是B3LYP/6-311G* em=gd3BJ ，并且在这个级别下计算了相互作用能（627.510 * (-81.0442785-(-40.5287595*2)) = 8.309 kcal/mol）。得到波函数用Multiwfn分析。

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如果使用IGMH方法进行可视化分析，会发现2个氢原子之间的等值面中心是深蓝色的（如上图所示，isolevel=0.01）。我注意到sob老师在IGMH(http://sobereva.com/621)博文中对sign(λ2)着色图的红色部分都注释了环、笼区域的位阻，想请问下IGMH方法是否不适用于分析这种有"头对头"的原子对之间互斥的体系？

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对于电子密度做拓扑分析，是否也无法区分这两个原子之间的相互作用是互斥占主导还是吸引占主导？我用Multiwfn的拓扑分析功能找了一下两个氢原子中心的（3,-1）临界点。如上图所示，图中的蓝色圆球是类型为(3,-1)的临界点，mesh为电子密度的等值面（isolevel 0.04），从拓扑形状的角度看，最中间的蓝球还是一个键临界点的样子。

最后还想问一下，对于IGMH分析中拿到的原子对对相互作用的贡献（Multiwfn输出的atmdg.txt），有办法区分原子之间的吸引和排斥吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-16 20:26
做IGMH分析用的结构应当做过几何优化。人为强行把两个分子拉得很近，哪怕二者是互斥的，由于作用区域电子密度较大，也必然会显示成蓝色的
仅当结构优化过，显示成蓝色的才能体现有内在的显著吸引作用

作者
Author: masgils 时间: 2022-11-17 09:34
明白了，谢谢社长

作者
Author: masgils 时间: 2022-11-21 15:51
老师我还想再问下，我想做定量分析，查看每一对原子之间的相互作用，不知道怎么区分它们之间是互相吸引还是排斥。在Multiwfn文件输出的atmdg.txt中，每一对原子贡献的dg值怎么才能区分是互相吸引还是互相排斥呢？我看了等值面图的颜色，不知道怎么对应到txt文件中的每一对原子上。

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