计算化学公社

标题: ONIOM怎么对L层指定原子电荷 [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-5-27 09:06
标题: ONIOM怎么对L层指定原子电荷
本帖最后由 15whyhq 于 2020-1-11 14:21 编辑

我想问：这是我之前用uff算低层，用DFT算H层，L层没有指定电荷的输入输出文件，我现在要指定L层的原子电荷，我应该怎么做

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-27 16:26
(, 下载次数 Times of downloads: 78)

low级别用力场时，不光是对L层，对于H层的原子也要指定原子电荷，否则等于没有描述H层和L层之间的静电相互作用。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-5-28 10:22
恩，那就是说H层和L层都要优化，用优化好的坐标再去算电荷，算电荷的输入文件的关键词帮我看看对不对，非常感谢。
还有个问题是优化H层和L层的方法的选择，因为有6个分子，用我原来的b3pw91优化的话，很难优化出来，所以应该选用什么方法优化，又不影响准确性？
这是算电荷的输入文件

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-5-28 19:52

sobereva 发表于 2016-5-27 16:26
low级别用力场时，不光是对L层，对于H层的原子也要指定原子电荷，否则等于没有描述H层和L层之间的静电 ...

我H层用的是B3PW91，是不是不管H层用的是什么，L层用了力场时就要对H层和L层都指定原子电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-28 20:37

15whyhq 发表于 2016-5-28 19:52
我H层用的是B3PW91，是不是不管H层用的是什么，L层用了力场时就要对H层和L层都指定原子电荷？

是

你应当先看看ONIOM的基础资料，了解原理是什么。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-28 20:39

15whyhq 发表于 2016-5-28 10:22
恩，那就是说H层和L层都要优化，用优化好的坐标再去算电荷，算电荷的输入文件的关键词帮我看看对不对，非常 ...

基本上你这体系用ONIOM(QM:MM)方式100%没戏，早点死心为好。
要算整个体系原子电荷，DFT你又优化不动，只能用半经验先优化，优化完了再做个DFT单点算电荷。
然而原子电荷又是依赖于几何结构的，之后你拿这个电荷用于ONIOM(QM:MM)优化、找过渡态什么的，整体结构一变，又不准了。
切勿把ONIOM当成是个万金油。

虽然还一个办法是把各个分子依次DFT优化并算电荷，然而在整体中分子又会和Br发生明显的电荷转移，于是也没法搞。除非你就近似当Br是带-1电荷，各个分子则带整数的形式电荷。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-5-28 21:23

sobereva 发表于 2016-5-28 20:37
是

你应当先看看ONIOM的基础资料，了解原理是什么。

能给一些oniom的基础知识的链接或者课件吗？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-28 22:15

15whyhq 发表于 2016-5-28 21:23
能给一些oniom的基础知识的链接或者课件吗？非常感谢！

看4L
http://bbs.keinsci.com/thread-942-1-1.html

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-6-6 16:43

sobereva 发表于 2016-5-28 20:39
基本上你这体系用ONIOM(QM:MM)方式100%没戏，早点死心为好。
要算整个体系原子电荷，DFT你又优化不动 ...

我可以用HF优化好的结构，算电荷，再指定原子电荷用oniom优化，这样行吗？

用HF优化完后，不用DFT优化了

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-7 05:46

15whyhq 发表于 2016-6-6 16:43
我可以用HF优化好的结构，算电荷，再指定原子电荷用oniom优化，这样行吗？

用HF优化完后，不用DFT优 ...

干嘛用HF优化？耗时和杂化泛函在同一水平，精度有明显低于DFT。
DFT优化完了算出原子电荷再用于ONIOM(QM:MM)还有得说。不过若都能用DFT优化得动了，之后再用ONIOM(QM:MM)做些事并没有什么意义。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-6-25 13:51

sobereva 发表于 2016-6-7 05:46
干嘛用HF优化？耗时和杂化泛函在同一水平，精度有明显低于DFT。
DFT优化完了算出原子电荷再用于ONIOM(QM ...

老师，我想问下，用什么方法优化好构型然后再算电荷，再用oniom指定原子电荷计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-25 17:43

15whyhq 发表于 2016-6-25 13:51
老师，我想问下，用什么方法优化好构型然后再算电荷，再用oniom指定原子电荷计算？

什么意思？没看懂
对有机分子一般B3LYP/6-31G*优化、计算电荷就够了。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-6-28 19:46
本帖最后由 15whyhq 于 2020-1-9 13:04 编辑

sobereva 发表于 2016-6-7 05:46
干嘛用HF优化？耗时和杂化泛函在同一水平，精度有明显低于DFT。
DFT优化完了算出原子电荷再用于ONIOM(QM ...

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-29 03:09

15whyhq 发表于 2016-6-28 19:46
老师，我现在用DFT优化我现在的体系，季铵盐离子液体团簇催化，优化到了6分子了，做得很费劲，然后我导师 ...

这我也没办法。如今许多导师对某些问题知之甚少，甚至一窍不通就让学生做，做起来遇到困难也不指导（因为绝大多数情况本身老师也根本不懂细节操作，也不肯花自己的时间），或者得到乱七八糟一堆数据最终也根本没法成文发表。这样的情况我见过很多，这样下去后果就是学生没文章毕不了业，只能延期。

像这个团簇催化，外面加一堆离子液体分子，离反应位点较远根本都对反应位点起不到什么直接影响，而且团簇构型还各种各样，考虑一个大的团簇都很困难更别提考虑很多种团簇结构了。继续做下去只会越陷越深。我见过不少导师突然脑子一热，就让学生做，结果卡住做不动了，又让学生做另一个一拍脑子想出来的点子，结果又卡住了，翻来覆去做的东西换了好几样，一个成果也没出来，时间全白费了。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-6-29 09:38
本帖最后由 15whyhq 于 2020-1-9 13:07 编辑

sobereva 发表于 2016-6-29 03:09
这我也没办法。如今许多导师对某些问题知之甚少，甚至一窍不通就让学生做，做起来遇到困难也不指导（因 ...

您觉得用oniom做这个团簇离子液体催化行不行呀？问题在哪呢？
如果用oniom算，第一个问题是我用什么方法优化构型然后好指定电荷? 8分子以上用dft算已经很难了，我不知道用什么方法去优化构型然后指定电荷了？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-29 10:07

15whyhq 发表于 2016-6-29 09:38
老师，您说的让我很揪心啊！
您觉得用oniom做这个团簇离子液体催化行不行呀？问题在哪呢？
如果用oniom ...

都不是ONIOM不ONIOM的事，即便DFT能算得动整体，当前这个问题也没什么可算的，从idea和物理意义上我就不看好，原因前面已经说过了。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-6-29 10:14

sobereva 发表于 2016-6-29 03:09
这我也没办法。如今许多导师对某些问题知之甚少，甚至一窍不通就让学生做，做起来遇到困难也不指导（因 ...

您说的“像这个团簇催化，外面加一堆离子液体分子，离反应位点较远根本都对反应位点起不到什么直接影响”
我导师是想用oniom已经离子液体之间分子间的作用对催化的影响，她不是想说明对反应位点所起的作用，您觉得这个行得通吗？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-6-29 10:49
老师，您觉得这个想法行不行? 就是离子液体形成了团簇，然后这个离子液体团簇在表面进攻环氧化物，这样来研究离子液体团簇对催化的影响，您觉得这个想法对不对？非常感谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-6-29 16:23

sobereva 发表于 2016-6-29 10:07
都不是ONIOM不ONIOM的事，即便DFT能算得动整体，当前这个问题也没什么可算的，从idea和物理意义上我就 ...

老师，您知道谁在做oniom吗？可以给我他们的名字吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-29 21:55

15whyhq 发表于 2016-6-29 10:49
老师，您觉得这个想法行不行? 就是离子液体形成了团簇，然后这个离子液体团簇在表面进攻环氧化物，这样来研 ...

你的体系你最清楚，反正我觉得没什么戏...总之你一定要从化学直觉上考虑，不能盲目算下去。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-1 21:50

sobereva 发表于 2016-6-29 21:55
你的体系你最清楚，反正我觉得没什么戏...总之你一定要从化学直觉上考虑，不能盲目算下去。

老师，oniom输出文件的能量的单位是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-2 00:52

15whyhq 发表于 2016-7-1 21:50
老师，oniom输出文件的能量的单位是什么？

量化程序里凡是没有注明的，一律都是原子单位，即能量是hartree

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-2 19:53
老师，您觉得可以用oniom这种方法优化好构型然后再算原子电荷，算完原子电荷后再指定原子电荷又用oniom算，这样指定原子电荷行吗？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-2 20:06

sobereva 发表于 2016-7-2 00:52
量化程序里凡是没有注明的，一律都是原子单位，即能量是hartree

△S值的单位是以hartree为单位还是以kal/mol为单位？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-3 01:23

15whyhq 发表于 2016-7-2 20:06
△S值的单位是以hartree为单位还是以kal/mol为单位？

没注明的一律是hartree

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-3 01:25

15whyhq 发表于 2016-7-2 19:53
老师，您觉得可以用oniom这种方法优化好构型然后再算原子电荷，算完原子电荷后再指定原子电荷又用oniom算， ...

要看你具体算什么，不见得有什么意义。
如果是团簇体系，通常应当是对每个分子单独计算原子电荷，而不是计算整体的电荷然后再在ONIOM里用。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-3 17:42
老师，可不可以给我一篇里面有详细介绍怎么指定原子电荷的文献吗？我一篇一篇看也并不能看到人家怎么指定原子电荷，谢谢

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-3 17:48
标题: oniom指定原子电荷的文献
谁那有用oniom方法然后具体怎么指定原子电荷的文献？
发给我看看吧，非常感谢！
oniom计算的一般过程是：优化好构型指定原子电荷用oniom计算分好层得到构型再用S值测试，判断分层是否合理
这个过程对吗？
我一直卡在用什么方法优化构型，怎么指定原子电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-4 02:31

15whyhq 发表于 2016-7-3 17:48
谁那有用oniom方法然后具体怎么指定原子电荷的文献？
发给我看看吧，非常感谢！
oniom计算的一般过程是： ...

这根本就不是一般过程
S值测试根本没什么用，稍微有点理论化学直觉的人就不需要干这个。要自己动脑想怎么设定合理。
指定原子电荷之前也根本没有什么优化好整体构型的过程，也就是优化团簇或者聚合物中的单体然后算原子电荷就完了。一定要搞清楚，算团簇/聚合物的时候，获得原子电荷是依次计算每个单体的电荷，然后再给整体赋上，而不是直接拿整个体系来算原子电荷，否则很不雅！

这里有个算分子团簇的设定电荷的例子
乱谈外重组能的计算
http://sobereva.com/333

没有任何文献会把这点细节掰开了揉碎去说，因为是简单到不值得一提的过程，也就是网上搜一些教程没准才会说一下。
与其找什么文献，不如先把思路理清楚，仔细想明白然后直接去做。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-4 10:32

sobereva 发表于 2016-7-4 02:31
这根本就不是一般过程
S值测试根本没什么用，稍微有点理论化学直觉的人就不需要干这个。要自己动脑想 ...

按照老师您的意思，我的体系那就是应该这样，用DFT优化单独的一分子的离子液体，然后计算它的原子电荷，因为我的都是离子液体，那这样就是高层及低层的离子液体都要指定原子电荷，用的就是一分子算出来的原子电荷，都给它指定到高层及低层，如果是这样的话，没有考虑到多个离子液体在一起所引起的电荷变化呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-4 16:25

15whyhq 发表于 2016-7-4 10:32
按照老师您的意思，我的体系那就是应该这样，用DFT优化单独的一分子的离子液体，然后计算它的原子电荷， ...

这正是分子力场的局限性。

若你非要算整个体系的原子电荷，问题更多
1 先得量化优化整体，计算量巨大，这样还用ONIOM有何意义？等于纯粹为了用ONIOM而用ONIOM。
2 你懂拟合静电势电荷的原理就知道，这类电荷对于被包埋的原子（离整个体系范德华表面远的原子）得到的电荷明显不准，质量远低于没被包埋的原子。
3 拟合静电势电荷对构型/构象依赖性很大，你对单一结构直接得到整体所有原子的电荷，若体系结构发生改变，那么原先那套电荷就不合理了，会对体系结构造成明显的偏向性，还不如索性忽略片段间电子转移，以让片段的电荷在不同构型/构象下可移植性更好。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-4 20:58
老师，可以帮忙解释下图2里面这一段话是什么意思吗？
这是高斯说明书里面介绍oniom里的S-值测试的内容，看不明白图2里面的话

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-5 03:50

15whyhq 发表于 2016-7-4 20:58
老师，可以帮忙解释下图2里面这一段话是什么意思吗？
这是高斯说明书里面介绍oniom里的S-值测试的内容，看 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 38)
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-5 11:25
它这个low级别，是什么意思？是高层及低层都是用low级别的计算？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-5 11:43
Combining Quantum Mechanics Methods with Molecular Mechanics Methods in ONIOM
这篇文献里面提到的
(, 下载次数 Times of downloads: 38)
这里的MM是什么情况？这个S值判断的标准与高斯说明书里的及其他文献里的计算都不一样，那该怎么办？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-5 11:46
为什么要指定原子电荷？可以帮我解释得清楚一些吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-5 12:44

15whyhq 发表于 2016-7-5 11:25
它这个low级别，是什么意思？是高层及低层都是用low级别的计算？

常识啊ONIOM(high:low)

一个回帖里能说完整的就不要分成几个回帖说

否则会降低帖子水准

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-5 12:45

15whyhq 发表于 2016-7-5 11:46
为什么要指定原子电荷？可以帮我解释得清楚一些吗？

不指定原子电荷怎么用力场表现原子间静电相互作用？
多看点分子力场的知识，网上一搜一堆

MM=分子力学

不同文献里s-value净乱用，甭学他们。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-5 15:47
老师可以给我，你们的oniom课件看看吗？觉得你们哪些课件看起来会容易懂一些

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-5 15:57
The S-Value is defined as the difference in E between the Model and Real systems at a certain level of theory.
高斯说明书里面的这句话得意思是：在同一水平下的意思是高层和低层都在一个水平下计算的能量，那我就不明白了，我计算S-值得时候是，分别计算前期络合物，后期络合物，这两个络合物都是在oniom优化好的，有高层有低层，高层的方法是b3pw91/6-31g(d,p) ，低层的方法是UFF，这样计算的S-值对吗？
这样计算我怎么感觉不是在同一水平下呢？因为有高层有低层，且它们的方法不一样。求详解！谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-5 16:07

15whyhq 发表于 2016-7-5 15:47
老师可以给我，你们的oniom课件看看吗？觉得你们哪些课件看起来会容易懂一些

不能
参加培训班的人才能看到

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-5 16:16

sobereva 发表于 2016-7-5 16:07
不能
参加培训班的人才能看到

那可以网上购买视频教程看吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-5 16:18

15whyhq 发表于 2016-7-5 16:16
那可以网上购买视频教程看吗？

不可以

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-5 16:20

15whyhq 发表于 2016-7-5 15:57
The S-Value is defined as the difference in E between the Model and Real systems at a certain level ...

用什么方法和计算什么区域完全是两码事
无论是高级别（DFT）还是低级别（力场），都可以算model、real区域
所以哪个级别都可以得到s-value，即某级别算的两个体系的能量差

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-5 16:49
如果要算低级别的S值，是不是把用oniom优化好的高层及低层里面的高层固定了，只算低层的S值？然后用这个公式比较，对吗？
还有高斯说明书里面只说Comparing the S-Values for the two systems will allow you to determine whether the ONIOM approach is viable for that series of compounds; if they differ significantly, then using ONIOM is not advisable.
△S值差别明显的话，ONIOM不合理
那△S值到底差别多少，ONIOM合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-6 03:32

15whyhq 发表于 2016-7-5 16:49
如果要算低级别的S值，是不是把用oniom优化好的高层及低层里面的高层固定了，只算低层的S值？然后用这个公 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 65)

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-7 09:26
恩，我明白这个意思，那就只需要比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值，不用比较high级别的反应物与产物的S-value的差值，这样行吗？
只考虑△S(low)的大小？△S(low)=S-反应物（low） - S-产物（low）这样理解对吗？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-7 10:15
我不理解高斯说明书里的这一段话是什么意思麻烦老师帮忙解释下，真的非常感谢您！
△S怎么直接等于S(high)-S(low)
公式里的{Ehigh(R)–Ehigh(SM)}是不是反应物的S(high)减去产物的S(high)？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-7 11:19

15whyhq 发表于 2016-7-7 09:26
恩，我明白这个意思，那就只需要比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值，不用比较high级别的反应物与 ...

对

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-7 11:23

15whyhq 发表于 2016-7-7 10:15
我不理解高斯说明书里的这一段话是什么意思麻烦老师帮忙解释下，真的非常感谢您！
△S怎么直接等于S(high) ...

就甭管这个了
s-value不同地方用的方式不一样，有些地方描述不清楚，甚至根本就不对
图中他想表达的是，这个值越小，说明使用ONIOM造成的近似越小，但这种表示方式就根本没意义！R - SM就相当于整体(real)当中扣除model部分区域的能量，用high和low级别算这部能量求差，显然注定不可能接近于0，根本都不是一个数量级的。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-7 12:50

sobereva 发表于 2016-7-7 11:19
对

那这个△S(low)的大小怎么确定？一定要为0才能说明划分合理吗？这个值是个什么数量级就能说明问题？

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2016-7-7 13:34
有不停问的时间，多去看看oniom的资料；而且sob说了你这个体系不太有意义，也不适合用oniom，不要因为导师一句话就死磕进去几个月，最后吃亏的还是自己。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-11 19:38

sobereva 发表于 2016-7-4 02:31
这根本就不是一般过程
S值测试根本没什么用，稍微有点理论化学直觉的人就不需要干这个。要自己动脑想 ...

老师，算团簇单体的原子电荷，用什么方法计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-11 21:09

15whyhq 发表于 2016-7-11 19:38
老师，算团簇单体的原子电荷，用什么方法计算呢？

关键看你算原子电荷干什么用，对比看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-8-3 21:18

sobereva 发表于 2016-7-6 03:32

老师，您这里面的关键词UFF=QEq，geom=connectivity是什么意思？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-8-3 21:32

sobereva 发表于 2016-7-7 11:19
对

只比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值，那计算这种S值得输入文件的关键词是什么？还可以用
#p oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=SValue 这个吗？
按照高斯说明书里的意思是UFF:UFF高层及低层都用UFF计算吗？这个意思是在高斯里面高层及低层都用UFF计算，那S-值怎么计算，关键词是什么呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-3 23:47

15whyhq 发表于 2016-8-3 21:18
老师，您这里面的关键词UFF=QEq，geom=connectivity是什么意思？

UFF力场计算时用QEq电荷
定义连接关系

这些手册里都写着

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-3 23:48

15whyhq 发表于 2016-8-3 21:32
只比较low级别下的反应物及产物的S-value的差值，那计算这种S值得输入文件的关键词是什么？还可以用
#p ...

你这么写，对当前结构，model和real都分别用DFT和UFF算，总共算四个值

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-8-6 17:20

sobereva 发表于 2016-8-3 23:48
你这么写，对当前结构，model和real都分别用DFT和UFF算，总共算四个值

老师，我没有明白您这句话得意思？对当前结构，怎么有四个值？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-8-6 18:02

sobereva 发表于 2016-8-3 23:47
UFF力场计算时用QEq电荷
定义连接关系

老师，输入文件里面关键词如果写b3pw91/6-31g(d,p):uff=QEq
是不是不用再给所有的原子指定电荷了？uff=QEq是说明已经指定所有的原子电荷还是只指定Low层的原子电荷？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-8-6 18:26
在GaussView里面要点use electric embedding这个吗？点不点有区别吗？
输入文件的关键词是GaussView里面显示的关键词吗？
比如我要算过渡态，是这样写吗
#p opt=(calcfc,quadmac,ts,noeigentest) freq oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff=QEq) geom=connectivity

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-6 19:49

15whyhq 发表于 2016-8-6 17:20
老师，我没有明白您这句话得意思？对当前结构，怎么有四个值？

当前结构分为model和real两种，理论方法又有DFT和UFF，2*2=4

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-21 16:40

sobereva 发表于 2016-8-3 23:48
你这么写，对当前结构，model和real都分别用DFT和UFF算，总共算四个值

老师，低层用HF/3-21G 是不是不用指定原子电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-21 18:08

15whyhq 发表于 2016-9-21 16:40
老师，低层用HF/3-21G 是不是不用指定原子电荷？

不用指定

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-21 19:43

sobereva 发表于 2016-9-21 18:08
不用指定

谢谢老师！
我还想问问高斯说明书里的这句话：oniom计算时是怎么使用电子嵌入的？是在输入文件里关键词加上什么还是在GV怎么设置？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-21 20:45

sobereva 发表于 2016-8-3 23:47
UFF力场计算时用QEq电荷
定义连接关系

老师您说的UFF=QEq 意思是UFF力场时用QEq电荷
那是不是在输入文件的关键词里面写完UFF=QEq 就不用再指定原子电荷了？
还有在输入文件里面一定要写这个 geom=connectivity 关键词吗？定义连接关系是什么意思？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-22 01:11

15whyhq 发表于 2016-9-21 19:43
谢谢老师！
我还想问问高斯说明书里的这句话：oniom计算时是怎么使用电子嵌入的？是在输入文件里关键词 ...

按图中蓝字写上就完了

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-22 01:13

15whyhq 发表于 2016-9-21 20:45
老师您说的UFF=QEq 意思是UFF力场时用QEq电荷
那是不是在输入文件的关键词里面写完UFF=QEq 就不用再指定 ...

是。但是QEq电荷对静电相互作用描述得算不上理想

用分子力场当然得定义连接关系，即定义原子间怎么成键的，这是基本常识，看看分子力学的基本资料

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-22 08:08

sobereva 发表于 2016-9-22 01:13
是。但是QEq电荷对静电相互作用描述得算不上理想

用分子力场当然得定义连接关系，即定义原子间怎么成 ...

谢谢老师！
但我现在不明白指定原子电荷与电子嵌入的关系？
当低层用UFF时得指定原子电荷，指定原子电荷直接在输入文件里面加上关键词oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=uff 那还需要写ONIOM=EmbedCharge 考虑电子嵌入吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-22 12:09

15whyhq 发表于 2016-9-22 08:08
谢谢老师！
但我现在不明白指定原子电荷与电子嵌入的关系？
当低层用UFF时得指定原子电荷，指定原子电 ...

电子嵌入和原子电荷是两码事
用原子电荷是指力场计算时通过原子电荷方式考虑静电相互作用
电子嵌入是指纯MM层的原子能够极化QM层，相当于给QM层哈密顿增加了外势项
如果还搞不懂，先看点基本资料，比如Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)第2章。否则没有基础知识，算就是瞎算，尤其是用ONIOM这么恶心的东西的时候。

根本就不是...)=UFF，而是uff写成uff=QEq
=EmbedCharge是在)后面写的。
设定了原子电荷的情况下，用电子嵌入才有意义。
不设原子电荷，用不用电子嵌入都一样。
用电子嵌入会增加很多计算时间。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-22 15:56

sobereva 发表于 2016-9-22 12:09
电子嵌入和原子电荷是两码事
用原子电荷是指力场计算时通过原子电荷方式考虑静电相互作用
电子嵌入是指 ...

谢谢老师！
那在GV里面画图时QEq Charges: 那一项选哪个？
Use electron 是不是也得勾上？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-22 21:04

15whyhq 发表于 2016-9-22 15:56
谢谢老师！
那在GV里面画图时QEq Charges: 那一项选哪个？
Use electron 是不是也得勾上？

不用管use electrons
如果你自己完全不打算手动设原子电荷，all atoms就完了
这些事你一看手册就知道

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-23 08:24
本帖最后由 15whyhq 于 2016-9-23 08:26 编辑

sobereva 发表于 2016-9-22 21:04
不用管use electrons
如果你自己完全不打算手动设原子电荷，all atoms就完了
这些事你一看手册就知道 ...

恩谢谢老师！
您说的手册是高斯说明书么？高斯英文说明书我都没有看到这些。。
还有我想问：像低层用HF/3-21G 不用指定原子原子电荷那也就不用使用电子嵌入了？
如果不用使用电子嵌入，我不明白为什么低层用力场的时候要指定原子电荷还得使用电子嵌入；低层用量子力学方法时就不用指定原子电荷不用使用电子嵌入？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-23 10:10

15whyhq 发表于 2016-9-23 08:24
恩谢谢老师！
您说的手册是高斯说明书么？高斯英文说明书我都没有看到这些。。
还有我想问：像低层 ...

gv里选相应选项，就会显示出相应的关键词，关键词手册里当然有啊！手册里不写人家哪知道关键词怎么用
手册=说明书
低层用HF/3-21G是蠢爆的做法，靠混合基组比用ONIOM这么干精度不知高哪里去了。电子嵌入是对低层是MM而言的，你多看点基础资料就自然理解了，要不然怎么解释你也不明白本质原因

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-23 10:33

sobereva 发表于 2016-9-23 10:10
gv里选相应选项，就会显示出相应的关键词，关键词手册里当然有啊！手册里不写人家哪知道关键词怎么用
手 ...

谢谢老师不厌其烦地教我！
是这样的我在看ONIOM的相关资料，就是看英文的时候看的特别费劲，量化基础比较差，反反复复地看都不是很理解，像这种对于要了解这种理论方法的来龙去脉怎么做会理解的正确且快，有什么好的方法可以传授的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-23 10:43

15whyhq 发表于 2016-9-23 10:33
谢谢老师不厌其烦地教我！
是这样的我在看ONIOM的相关资料，就是看英文的时候看的特别费劲，量化基础 ...

先学明白量化基础
诸如levine的quantum chemistry

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-23 19:50

sobereva 发表于 2016-9-23 10:43
先学明白量化基础
诸如levine的quantum chemistry

谢谢老师！
这段话是高斯说明书里的一段话，其大概意思是
对能量最小结构和过渡状态结构计算，通常比较有效率的方式是先用力学内嵌做优选计算，然后从所得结构用电子内嵌再做第二阶段的优选计算（而非一开始就用电子内嵌方式做优选计算）。

我不明白力学内嵌与电子内嵌的区别？不明白这句话说的找过渡态的时候先用力学内嵌做优选计算后用电子内嵌具体是怎么做的？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-23 20:35

15whyhq 发表于 2016-9-23 19:50
谢谢老师！
这段话是高斯说明书里的一段话，其大概意思是
对能量最小结构和过渡状态结构计算，通常比 ...

明显没看我推荐的Jensen那书，里面都写了
你仔细读读基础的资料，就能少问许多问题

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-9-26 20:50

sobereva 发表于 2016-9-23 20:35
明显没看我推荐的Jensen那书，里面都写了
你仔细读读基础的资料，就能少问许多问题

老师，我想知道为什么低层用分子力学的时候需要指定原子电荷而低层用HF时不用指定原子电荷？主要不明白的是低层用HF时为什么不用指定原子电荷？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-27 00:20

15whyhq 发表于 2016-9-26 20:50
老师，我想知道为什么低层用分子力学的时候需要指定原子电荷而低层用HF时不用指定原子电荷？主要不明白的 ...

都用量化层面描述了，还用原子电荷干嘛
分子力场才是靠原子电荷描述静电相互作用，量化层面靠的是核互斥势+电子积分来描述静电相互作用

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-8 21:16
Last state="ONIOM2" TCursr=60139 LCursr= 88
Error termination via Lnk1e in /public/software/Gaussian09/g09/l1.exe
请问这个错误怎么解决？谢谢
输入及输出文件见上传的

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-9 00:32

15whyhq 发表于 2016-10-8 21:16
Last state="ONIOM2" TCursr=60139 LCursr= 88
Error termination via Lnk1e in /public/software/Gaus ...

low层写清楚用的理论方法
noraman、noeigentest纯属多余

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-9 08:37
谢谢老师!但是改好输入文件以后还是出错。 Opt=QuadMac only for ONIOM(MO:MM) and ONIOM(MO:MO:MM)
Error termination via Lnk1e in /public/software/Gaussian09/g09/l1.exe

这个意思是把关键词QuadMac去掉对吗？然后我有个问题是opt=(calcfc,quadmac,maxcycle=1000) 里面的calcfc,maxcycle=1000是不是都不要了？直接写关键词
#p opt freq oniom(b3pw91/6-31g(d,p):hf/3-21g) 还是怎么写关键词？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-9 12:41

15whyhq 发表于 2016-10-9 08:37
谢谢老师!但是改好输入文件以后还是出错。 Opt=QuadMac only for ONIOM(MO:MM) and ONIOM(MO:MO:MM)
Erro ...

去掉quadmac
其它可以留

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-9 21:16
谢谢，老师！
去掉quadmac关键词后，算了没多久作业停了也没有报错，这是什么原因？
输出文件见上传的。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-9 23:02

15whyhq 发表于 2016-10-9 21:16
谢谢，老师！
去掉quadmac关键词后，算了没多久作业停了也没有报错，这是什么原因？
输出文件见上传的。

程序bug或机子不稳定或软件环境有问题
重算一遍再试，还不行换版本再试

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-18 21:00
本帖最后由 15whyhq 于 2016-10-18 21:06 编辑

低层用UFF方法时并考虑静电嵌入出现如下错误是什么情况？输入及输出文件见上传的
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l1.exe 谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-19 09:09
为什么低层用UFF时没有使用QEq与使用QEq优化完后构型相差那么多，用QEq后环氧化物与离子液体相距那么远，环氧化物直接从离子液体中间跑到边上去了还隔那么远。两个作业都正常结束。谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-19 09:51
还有个问题低层用Dreiding方法时，所有的输入文件是不是跟低层用UFF方法时的一样？低层用Dreiding方法得指定原子电荷，是不是也是用QEq电荷？
谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-25 17:18
当有化学反应发生时，QM 区电荷分布会发生变化，在处理静电相互作用中，用固定原子点电荷描述是不准确的。
我想知道固定原子点电荷是什么意思？怎么做的？
谢谢!

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-29 20:54
我这个输入文件哪有问题？为什么在GaussView里打不开？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-30 08:42

15whyhq 发表于 2016-10-25 17:18
当有化学反应发生时，QM 区电荷分布会发生变化，在处理静电相互作用中，用固定原子点电荷描述是不准确的。
...

就是指使用的原子电荷不随反应过程的构型/构象的改变而改变，一套电荷从头用到尾。然而原子电荷必定依赖于化学环境，所以固定点电荷有时会有问题，甚至可能严重。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-30 08:45

15whyhq 发表于 2016-10-29 20:54
我这个输入文件哪有问题？为什么在GaussView里打不开？

诸如H-H_ _0.095897根本不规矩
元素、原子类型、电荷之间用横线分割。不能有莫名其妙的空格。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-10-31 09:57
geom=connectivity 在高斯说明书里面我只看到这个关键词是用来表达原子之间的连接关系。我不明白低层用力场时为什么要定义连接关系？
老师可以帮忙解释下吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-31 11:40

15whyhq 发表于 2016-10-31 09:57
geom=connectivity 在高斯说明书里面我只看到这个关键词是用来表达原子之间的连接关系。我不明白低层用 ...

用力场计算必须知道原子之间是怎么相连的，否则没法确定原子类型

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-11-1 21:25
老师，我想问下，ONIOM计算时低层使用amber力场时，指定原子电荷时手动给相应的原子指定原子电荷，我不知道这原子电荷可不可以使用MD模拟的时用resp电荷模型中的HF/6-31G计算得到的原子电荷？
是不是不同的方法计算得到的原子电荷不一样？我用ONIOM计算高层的方法是b3pw91/6-31g(d,p)与计算原子电荷的方法不一样，所以我想知道怎么解决低层用amber力场时怎么得到可以指定的原子电荷？我用oniom计算的初始构型是通过MD模拟得到的。
谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-11-16 19:29
我用oniom方法进行优化构型以及寻找过渡态的关键词如图所示，帮忙看下我的关键词有没有什么问题，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-16 19:40

15whyhq 发表于 2016-11-16 19:29
我用oniom方法进行优化构型以及寻找过渡态的关键词如图所示，帮忙看下我的关键词有没有什么问题，谢谢！

无
优化极小点的opt里写noeigentest完全多余

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-11-25 11:17
固定高层优化低层的时候优化了十几次，一直出现这个错误，怎么解决？谢谢
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l103.exe

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-12-23 10:45
呼呼呼，终于看完楼主的这个帖子了。我是在群里咨询了ONIOM的问题，sob老师给了回复指点，不太理解，然后查资料，看到了这个帖子。
看完了，有帮助，sob老师回复很仔细，关键是很有耐心。但是，看的我都没有耐心了，忍不住吐槽一下。
1：师傅领到门，巧妙在个人。遇到问题，问别人很好，但是不能这样无休止的问下去，老师是给你指点，解决问题还是需要自己来解决的。
2：楼主的帖子，除了楼主和sob，还有一个回复的，就是希望楼主能有这些问的时间，来查查资料，学习一下。但是，楼主没有听取，还在问。
3：最后不得不说，sob老师真的很有耐心，真的真的。我都看得不耐烦了，哪有这样问的？感觉心里憋火，所以，我才来吐槽一下哈。

看完这个帖子收获很多，不仅是知识，还有一些其他的。个人见解。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)