计算化学公社

标题: 求助给金属离子施加了约束但是还会跑到外面 [打印本页]

作者
Author: 18231865105 时间: 2022-11-17 10:00
标题: 求助给金属离子施加了约束但是还会跑到外面
各位老师好，给金属离子施加约束了但是还会跑到外面，gmx genrestr -dister 使用创建好的索引组，金属离子+氨基酸原子，生成后添加到了拓扑文件中，
Position in the topology file：
[ moleculetype ]
;name nrexcl
ADP_fix 3

; Include ligand topology
#include “ADP_fix_GMX.itp”

#ifdef POSRES
#include “posre_ADP.itp”
#endif

; Include chain topologies
#include “topol_Protein_chain_A.itp”

[ distance_restraints ]
; i j ? label funct lo up1 up2 weight
1573 4727 1 0 1 0.0817967 0.281797 1.2818 1

; Include water topology
#include “amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp”

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif
周期处理命令用的下面两个:
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -n index.ndx -o md_center.xtc -center -pbc mol -ur compact

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_center.xtc -n index.ndx -o md_fit.xtc -fit rot+trans
是约束太少了吗？还是添加的位置不对

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 17:39
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “金属离子的约束” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 17:43
确保原子序号正确，确实对应于topol_Protein_chain_A.itp里面相应两个原子的序号而不是全局序号
也可尝试改用[bonds]施加限制势

作者
Author: 18231865105 时间: 2022-11-18 10:00

sobereva 发表于 2022-11-17 17:43
确保原子序号正确，确实对应于topol_Protein_chain_A.itp里面相应两个原子的序号而不是全局序号
也可尝试 ...

感谢Sob老师的修改意见和解答，原子序号是对应的 topol...chainA 文件里的，如果我想在拓扑文件【moleculars】后面加上【inter-molecular interactions】，其中 angles bonds和二面角我该怎么定义呢？或者用什么软件去定义呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 01:32

18231865105 发表于 2022-11-18 10:00
感谢Sob老师的修改意见和解答，原子序号是对应的 topol...chainA 文件里的，如果我想在拓扑文件【molecul ...

对于同一个[moleculetype]里的两个原子间加限制势或bond，根本不需要用[intermolecular_interactions]

作者
Author: 18231865105 时间: 2022-11-19 09:10
老师您好，如果想让蛋白和金属离子合成一个moleculartype，需要运行gmx pdb2gmx -merge 还是说不用-merge ，运行完了手动处理拓扑文件，如果手动处理的话需要把金属离子拓扑文件里的键角和二面角数据都添加在蛋白拓扑文件里吗？

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