计算化学公社

标题: 关于分子动力学添加限制，及酶与底物模拟的相关问题请教 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-11-17 15:27
标题: 关于分子动力学添加限制，及酶与底物模拟的相关问题请教
本帖最后由 uenh1998 于 2022-11-17 16:25 编辑

打扰一下社长，想问一下社长几个问题：
1、最近在做溶液钙离子移动到某蛋白上的分子动力学模拟，蛋白上共可结合5个钙离子，在模拟100ns时，已经结合上2个钙离子，有个问题是，即使在mdp文件里加上了comm-grps = Protein
comm-mode = angular后，模拟100ns结束后，蛋白仍相对转动的严重，如图所示。想问社长，在做这样的模拟时，需不需要限制一下蛋白的位置防止模拟过程中两瓣相对滑动严重呢？还是说就这样继续进行模拟。
(, 下载次数 Times of downloads: 45) (, 下载次数 Times of downloads: 51)
2、最近在做的正弦电场影响底物与酶的结合，外加正弦电波频率由动力学模拟得到的红外光谱得到。但是正如社长博文里说的那样，模拟酶与底物，底物的结合必定不稳定，想问下社长，对于这种不稳定的体系来考察正弦波的影响，可以分析哪些指标呢？主要是没查到关于分子动力学关于模拟电场对酶与底物的影响，特地来请教一下各位老师。十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 18:58
1 转就转，没关系。为了视觉上看起来方便，用VMD做个align消除整体运动就完了

2 我不知道“底物的结合必定不稳定”怎么来的

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-11-17 20:28

sobereva 发表于 2022-11-17 18:58
1 转就转，没关系。为了视觉上看起来方便，用VMD做个align消除整体运动就完了

2 我不知道“底物的结合必 ...

　 (, 下载次数 Times of downloads: 45) 抱歉社长是这一句话，我理解错了，那请社长指点一下，对这种结合相当不稳定的体系，如果分析能量的话，多次模拟随机性太大。
还有什么其他的指标可以分析吗？

作者
Author: Chenxi 时间: 2025-6-18 21:20

uenh1998 发表于 2022-11-17 20:28
　抱歉社长是这一句话，我理解错了，那请社长指点一下，对这种结合相当不稳定的体系，如果分析能量的话 ...

您好，请问这个问题您解决了吗，我目前也是遇到了跑动力学无法稳定的体系，不知道该如何进行分析

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)