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标题: 求助：gmx msd同一体系不同离子扩散系数的计算 [打印本页]

作者
Author: 王纪峰 时间: 2022-11-17 15:48
标题: 求助：gmx msd同一体系不同离子扩散系数的计算
朋友们大家好，我使用gmx模拟了一个离子液体的体系，体系中包含3种离子（2种正离子，1种阴离子）。现在我想使用gmx msd去计算不同离子的扩散速率，遇到的问题是：
我应该对这三种离子使用同一个-beginfit和endfit范围呢，还是应该根据每种离子msd曲线的情况，分别选取不同的比较光滑的段来计算扩散系数呢？
感谢好心人回答！！

作者
Author: 王纪峰 时间: 2022-11-17 15:49
因为这三种离子它们msd曲线平滑的段各不相同..所以就产生了这个问题。。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 19:01

王纪峰发表于 2022-11-17 15:49
因为这三种离子它们msd曲线平滑的段各不相同..所以就产生了这个问题。。

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 19:04
可以用不同的时间区间做拟合。如果为了避免被挑刺，可以对几个体系用其中可以取的时间中的最短的那个做所有体系的拟合

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