计算化学公社

标题: 多次MSD的计算后扩散系数的确定的问题 [打印本页]

作者
Author: 果果123 时间: 2022-11-17 16:02
标题: 多次MSD的计算后扩散系数的确定的问题
想和实验上的扩散系数的计算值进行比对  根据实验细节，选用60×60×60的盒子放1个多金属氧酸盐 100个四丁基六氟化磷酸氨 1650个乙腈分子（为了和实验比对，只放置了一个溶质分子）上述溶质拓扑文件均使用sobtop生成，乙腈分子使用全原子模型
经过 10ps 能量最小化 + 500ps NVT（溶质固定）+250ps NVT+ 500ps NPT+ 10nsNVT  （考虑到只有一个溶质分子模拟时间尽可能长了一些）
   绘制其 MSD的图像如下                                         (, 下载次数 Times of downloads: 9)
问题1：之前看到了sob老师的帖子，应当尽量取中间的平直部分进行拟合，但是在这几条曲线中，只在起点位置处有一定的重合，这种情况是否可以？
问题2：对于起点位置的拟合部分，并不是所有的都在这条拟合线上，应当如何取舍？（将图片放大后有四条线在上面的拟合直线上有两条线在下面的拟合直线上）
问题3：如果要分别计算各自的平直部分，最后取平均值，是否必须要取相同的时间范围？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-17 19:12
对多次模拟的MSD曲线取平均后再拟合，曲线往往会更平直，并由此减少拟合误差

作者
Author: 果果123 时间: 2022-11-17 19:27

sobereva 发表于 2022-11-17 19:12
对多次模拟的MSD曲线取平均后再拟合，曲线往往会更平直，并由此减少拟合误差

好的感谢sob老师回帖我这就去试一下我还有一个问题就是对于这种体系中只有一个分子的情况需要模拟多少次才算充分？模拟时间的话是否也是需要多次模拟不同的时间看起数值相应的变化？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-18 02:20

果果123 发表于 2022-11-17 19:27
好的感谢sob老师回帖我这就去试一下我还有一个问题就是对于这种体系中只有一个分子的情况需要模拟多 ...

原理上模拟次数越多统计误差越小，可以做结果随模拟次数的收敛性测试，直到满意。每次模拟时间相同

作者
Author: 果果123 时间: 2022-11-18 08:42

sobereva 发表于 2022-11-18 02:20
原理上模拟次数越多统计误差越小，可以做结果随模拟次数的收敛性测试，直到满意。每次模拟时间相同

好滴明白了感谢sob老师

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