计算化学公社

标题: 基于模糊原子空间的密度差分析的问题 [打印本页]

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-11-17 20:41
标题: 基于模糊原子空间的密度差分析的问题
最近看到一个帖子是基于模糊原子空间分析的想学习一下基本方法运用到自己体系上  http://bbs.keinsci.com/thread-33645-1-1.html
故在此有几个问题想请教一下
以看到的帖子为例电子密度差函数在主链原子空间下进行积分我认为不应该但单单读取最后的summing up above values值吧应该综合各项积分值看
而且对应的数值不应该像他所说取百分数吧
我理解的是如果按照他的例子读取的最后积分数值是正值则可以表明电子转移到主链  因为对于电子密度差函数积分正值则代表电子密度增加完全可以说明有电子转移到主链
不知学生理解是否正确请各位指教

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-18 02:15
就是读summing up above values。转移量看实际数值，没百分数的事

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-11-18 09:00

sobereva 发表于 2022-11-18 02:15
就是读summing up above values。转移量看实际数值，没百分数的事

好的老师是学生理解错误了。
还有几个问题想请教一下
1.转移量看实际数值这个数值是对应输出数据的value这一列的吗？为什么我输出的值都是正值呢？学生理解的是电子密度增加的原子是正值电子密度降低的应该为负值啊
2.读取的最终summing up above values 数值学生输出的数值1899 请问老师这个数值只要是正的就代表整体电子密度增加吗？没有一个数值范围之类的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 01:31

兰兰爱学习发表于 2022-11-18 09:00
好的老师是学生理解错误了。
还有几个问题想请教一下
1.转移量看实际数值这个数值是对应输出数据的va ...

拿具体输出信息来说事

summing up above values得到1899，8成是你的cub文件记录的是电子密度，而不是密度差。片段密度差全空间积分为0

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-11-21 14:00

sobereva 发表于 2022-11-19 01:31
拿具体输出信息来说事

summing up above values得到1899，8成是你的cub文件记录的是电子密度，而不是 ...

老师麻烦您看一下学生哪一步出问题了
基于完整的 .wfn通入multiwfn
5（计算网格数据）→0（设置自定义操作）→3→-,1.wfn→-,2.wfn→ -,3.wfn→2→2 生成电子密度差的cube文件
然后做模糊原子空间分析基于得到的cube文件通入multiwfn 15→-5（定义片段）→输入片段→1→100

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-22 00:33

兰兰爱学习发表于 2022-11-21 14:00
老师麻烦您看一下学生哪一步出问题了
基于完整的 .wfn通入multiwfn
5（计算网格数据）→0（设置自定义 ...

载入密度差的cub文件后，进主功能0看一眼等值面，确认密度差确实正确
并且确保启动Multiwfn前settings.ini里iuserfunc设为了-1

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-11-22 08:34
本帖最后由兰兰爱学习于 2022-11-22 08:36 编辑

sobereva 发表于 2022-11-22 00:33
载入密度差的cub文件后，进主功能0看一眼等值面，确认密度差确实正确
并且确保启动Multiwfn前settings.i ...

老师按照您的指导我都确认无误后进行操作得出的数值为 Summing up above values: -1.66765602
Summing up absolute value of above values: 2.48654225 （主体部分） Summing up above values: -0.20103497 Summing up absolute value of above values: 0.20356637（两个溴）请问老师为什么出来的都为负值呢？正常是不是应该主体为正值溴为负值呢？以下是学生的cub文件请老师指教

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-24 00:53

兰兰爱学习发表于 2022-11-22 08:34
老师按照您的指导我都确认无误后进行操作得出的数值为 Summing up above values: -1.6676560 ...

载入cub文件后，屏幕上直接提示了积分值
Summing up all value in grid file: -18.2179759698
After multiplied by differential element: -2.0013186878

显然计算波函数文件设的电子态有问题，否则不可能密度差全空间积分为-2

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-11-24 09:02

sobereva 发表于 2022-11-24 00:53
载入cub文件后，屏幕上直接提示了积分值
Summing up all value in grid file: -1 ...

老师根据您指出的问题确实是电子态设错了进行修改后
载入cub文件后屏幕显示积分为：
Summing up all value in grid file:                      0.0103020072
After multiplied by differential element:                0.0011317174
然后对主题进行积分结果为：
Summing up above values:       0.20061077
Summing up absolute value of above values:       1.22574711
老师请问这样是否就正常了呢  主体部分电子密度差积分为正值  表示其电子密度增加

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-25 01:50

兰兰爱学习发表于 2022-11-24 09:02
老师根据您指出的问题确实是电子态设错了进行修改后
载入cub文件后屏幕显示积分为：
Summing up al ...

正常

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