计算化学公社

标题: 请问为什么Gromacs计算的RMSD出现跳崖的现象？ [打印本页]

作者
Author: xjw 时间: 2022-11-17 21:24
标题: 请问为什么Gromacs计算的RMSD出现跳崖的现象？
您好，我在利用Gromacs计算淀粉和小分子的分子动力学模拟时，最后计算小分子的RMSD出现下图的现象，请问这个是由于什么原因造成的啊，有什么办法解决嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-18 02:10
用VMD看轨迹，把盒子边框显示出来，结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: xjw 时间: 2022-11-18 08:16

sobereva 发表于 2022-11-18 02:10
用VMD看轨迹，把盒子边框显示出来，结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否 ...

收到，谢谢老师

作者
Author: xjw 时间: 2022-12-1 21:29

sobereva 发表于 2022-11-18 02:10
用VMD看轨迹，把盒子边框显示出来，结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否 ...

老师，我看了一下我的轨迹，但是分子并没有出现跳出盒子的现象，请问这是为啥啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 02:47

xjw 发表于 2022-12-1 21:29
老师，我看了一下我的轨迹，但是分子并没有出现跳出盒子的现象，请问这是为啥啊

RMSD的数据是对当前轨迹特征的反映，但凡RMSD出现什么特殊的情况，必然要自己观看轨迹、在搞清楚RMSD计算公式的前提下分析是什么导致的。别人又没你的轨迹，不可能具体帮你分析

作者
Author: xjw 时间: 2022-12-2 08:18

sobereva 发表于 2022-12-2 02:47
RMSD的数据是对当前轨迹特征的反映，但凡RMSD出现什么特殊的情况，必然要自己观看轨迹、在搞清楚RMSD计算 ...

老师，因为轨迹文件比较大，应该怎么上传啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 08:44

xjw 发表于 2022-12-2 08:18
老师，因为轨迹文件比较大，应该怎么上传啊

谁让你上传了，自己分析。

而且世界上有个东西叫网盘

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