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标题: 结构优化前初始分子的结构是否会对最终结果产生很大影响 [打印本页]

作者
Author: Rainbow_77 时间: 2022-11-18 10:35
标题: 结构优化前初始分子的结构是否会对最终结果产生很大影响
我在进行结构优化之前，初始分子的获取方式有：1. 通过pubchem网站来下载其sdf格式的文件，并代入到guassview中设置计算参数，得到输入文件； 2.直接在guassview中绘制分子的初始结构，键长这些也没有特意调整；
但是优化出来的结构感觉很多时候都和初始结构差异很大，也在网上看到很多与其相关的问题，我想问一下是否能够使用以上两种方式来构建输入文件，还是说需要借助chemdraw此类工具进行绘图＋结构优化之后得到初始结构，再代入guassian中计算呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-18 14:14
那叫Gaussian不叫guassian
如果分子只有一个构象，或者虽然有很多构象但是可以预先知道哪个是对的，那么不管怎么画都是可以的；如果分子不止一个构象，而且差别不可忽略，那不管怎么画都是不对的，必须通过构象搜索（http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）的方法确定初始构象。
很多教计算的不教构象搜索，导致初学者随便画个构象就优化，这是导致目前计算文章结果不严谨的一个很大原因。

作者
Author: Rainbow_77 时间: 2022-11-19 14:16
好的，笔误。多谢解答！

作者
Author: luchen 时间: 2022-11-19 21:06
如果对分子的构象有一个大概的想法，那么就按照这个想法进行建模就行了。如果分子是长链等柔性分子，那么需要进行构象搜索，找最小能量的结构

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