计算化学公社

标题: 在老本gromac5.1运行npt时由于mdp文件问题显示一直报错 [打印本页]

作者
Author: Usstwanglei 时间: 2022-11-18 12:20
标题: 在老本gromac5.1运行npt时由于mdp文件问题显示一直报错
我这跑的npt系宗，目的是让石墨烯板子固定不动，但是不同高度的板子由于能量作用会发生偏移，现在加上这个后一直报错

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-18 14:44
甭用那么老版本
而且设个限制势固定就完了，用不着牵扯energygrp-excl

作者
Author: Usstwanglei 时间: 2022-11-19 14:57

sobereva 发表于 2022-11-18 14:44
甭用那么老版本
而且设个限制势固定就完了，用不着牵扯energygrp-excl

sob老师你好，我用这个老版本目的是不冻结石墨烯的前提下，用位置限定跑npt系宗，但现在会出现石墨烯跑出体系盒子，所以想了解这个energygrp -excl功能能不能解决这个问题，但会出现前面这个报错代码

作者
Author: Usstwanglei 时间: 2022-11-19 15:01

Usstwanglei 发表于 2022-11-19 14:57
sob老师你好，我用这个老版本目的是不冻结石墨烯的前提下，用位置限定跑npt系宗，但现在会出现石墨烯跑出 ...

就是这样一个情况，麻烦老师给分析下了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 22:31

Usstwanglei 发表于 2022-11-19 15:01
就是这样一个情况，麻烦老师给分析下了

这不是用老版本的理由，新版本又不是不支持

跟energygrp-excl完全没直接关系

仔细看轨迹，弄清楚石墨烯怎么跑到外面去的。如果是MD过程中跑到外面去的，说明限制势没设对；如果第一帧就已经在外面了，是显示、轨迹记录方式之类的问题

作者
Author: Usstwanglei 时间: 2022-11-20 15:24

sobereva 发表于 2022-11-19 22:31
这不是用老版本的理由，新版本又不是不支持

跟energygrp-excl完全没直接关系

好的，谢谢老师

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